Террі Етвуд

Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
Перейти до навігації Перейти до пошуку
Террі Етвуд
Народилася20 листопада 1959(1959-11-20) (64 роки)
Країна Велика Британія
Діяльністьбіоінформатик, дослідниця у галузі інформатики
Alma materУніверситет Лідса[1]
Галузьбіоінформатика
ЗакладМанчестерський університет
Університет Лідса
Манчестерський університет[2]
Манчестерський університет[3]
Манчестерський університет[4]
Університетський коледж Лондона[5]
ЧленствоInternational Society for Biocurationd[6]
Нагороди
Особ. сторінкаpureprojects.ppad.man.ac.uk/portal/en/researchers/terri-attwood(7df29450-9ecd-4f4d-9e77-32f25f255d97).html

Тереза К. Етвуд (Terri Attwood, Teresa K. Attwood) — професор біоінформатики в Департаменті комп'ютерних наук та Школи біологічних наук Університету Манчестера та запрошений співробітник Європейського інституту біоінформатики[en] (англ. EMBL-EBI). Вона проводила стипендію університетського королівського товариства в Лондонському університетському коледжі (UCL) з 1993 по 1999 рік і в Університеті Манчестера з 1999 по 2002 рік[7].

Освіта

[ред. | ред. код]

Етвуд отримала ступінь бакалавра біофізики в Університеті Лідса в 1982 році. Через два роки, у 1984 р[8] під керівництвом Джона Е. Лайдона[9] вивчала хромонічні мезофази, вона отримала ступінь кандидата наук, також з біофізики.

Дослідження та кар'єра

[ред. | ред. код]

Етвуд проводила докторські дослідження в Лідсі до 1993 р., коли вона переїхала до університетського коледжу Лондона[10] на п'ять років, перш ніж переїхати в Університет Манчестера в 1999 р. Її дослідження[11] стосується вирівнювання послідовностей білків та аналізу білка.

Натхненна створенням PROSITE[en], Етвуд розробила метод відбитків білків[en]

і використала це для створення бази даних PRINTS[en][12][13][14].

З Amos Bairoch вона прагнула уніфікувати роботу класифікації та анотації по сімейству білків[en] врешті-решт спільно реалізувавши грант Європейського союзу з Рольф Апвейлер[en] встановити InterPro,[15][16] з Pfam, ProDom і Swiss-Prot/TrEMBL в якості партнерів консорціуму в 1997 році.[17]

Етвуд керувала великими проектами, включаючи консорціум для видобутку тексту BioMinT FP5[18] освітній консорціум з біоінформатики[19] (включаючи EBI та Швейцарський інститут біоінформатики(Swiss Institute of Bioinformatics) як партнерів) та платформу EPSRC PARADIGM.[20] Вона є головним дослідником[en] по проектам SeqAhead (наступного покоління секвенування аналізу даних мережі)[21] і AllBio (біоінформатична інфраструктура наук для одноклітинних, тварин і рослин)[22], а також була Манчестерським головним дослідником[en] на EMBRACE[23] і EuroKUP (протеоміка нирок та сечі).[24] Етвуд була членом Комітету стратегії навчання біоінформатики компанії ELIXIR (Робочий пакет 11)[25] під час підготовчого етапу ELIXIR. В даний час вона є головою Глобальної мережі біоінформатики EMBnet[en], вона була членом виконавчих комітетів Міжнародного товариства з біокурації[en] та Навчальної мережі з біоінформатики, а нещодавно була обрана до Ради директорів Міжнародного товариства з обчислювальної біології. У 2012 році вона очолила створення ГОБЛЕТ (Глобальна організація з вивчення, освіти та навчання біоінформатики, GOBLET), в якій партнерами є основні товариства, мережі та організації з біоінформатики, обчислювальної біології та біокурації. Станом на 2016, Етвуд — голова виконавчої ради GOBLET.[26][27]

Окрім того, що вона є біокуратором[17][28], вона спільно розробила інструменти для вирівнювання та візуалізації послідовностей та структур білка, включаючи Амброзію та CINEMA.[29][30] Група будує багаторазово використовувані програмні компоненти для створення корисних програм біоінформатики за допомогою UTOPIA(Інструменти біоінформатики[en])[31][32] та розробляє нові підходи для автоматичного анотування та аналізу тексту, такі як PRECIS,[33] METIS,[34] BioIE,[35] та семантичні підходи до інтеграції даних[36] такі як Semantic Biochemical Journal[37] опублікований Portland Press . Інструменти UTOPIA лежать в основі як Семантичного біохімічного журналу, так і спільного проекту з Pfizer та AstraZeneca з розробки інтерфейсу 21 століття до біомедичної літератури та управління даними.

Дослідження Етвуд отримали фінансування від Ради з досліджень інженерних та фізичних наук[en],[38] Ради з досліджень біотехнологій та біологічних наук[en], Wellcome Trust, Королівського товариства, Європейського Союзу та промисловості.

Викладання

[ред. | ред. код]

Етвуд викладає на бакалаврських та аспірантських курсах і була докторським радником або співавтором кількох аспірантів (наприклад, Мануеля Корпаса). Етвуд є співавтором кількох розділів книг та трьох популярних підручників з біоінформатики: Вступ до біоінформатики[39] та Біоінформатика та молекулярна еволюція.[40] Етвуд є співавтором підручника з біоінформатики Bioinformatics Challenges at the Interface of Biology and Computer Science: Mind the Gap[41] з Стівом Петтіфер[en] і Дейвом Торном.

Академічна служба

[ред. | ред. код]

Етвуд працює в редакційній колегії Biochemical Journal,[42] База даних: The Journal of Biological Databases and Curation,[43] Molecular and Cellular Proteomics,  Журнал молекулярної графіки та моделювання та журнал EMBnet.journal. 

Нагороди та відзнаки

[ред. | ред. код]

З 1993 по 2002 рік Етвуд провадила дослідницьку стипендію Університету Королівського товариства[en](англ. URF))[7].

Примітки

[ред. | ред. код]
  1. ↑ E-Theses Online Service
  2. ↑ Montenegro A. ORCID Public Data File 2023 — 2023. — doi:10.23640/07243.24204912.V1
  3. ↑ Montenegro A. ORCID Public Data File 2023 — 2023. — doi:10.23640/07243.24204912.V1
  4. ↑ Montenegro A. ORCID Public Data File 2023 — 2023. — doi:10.23640/07243.24204912.V1
  5. ↑ Montenegro A. ORCID Public Data File 2023 — 2023. — doi:10.23640/07243.24204912.V1
  6. ↑ https://www.biocuration.org/about/executive-commitee/
  7. ↑ а б Anon (2016). Teresa Attwood Professor of Bioinformatics. manchester.ac.uk. Manchester. Архів оригіналу за 24 грудня 2016.
  8. ↑ Attwood, PhD Teresa K. (1984). Chromonic mesophases (Дипломна робота). University of Leeds. OCLC 59334329. Архів оригіналу за 3 лютого 2016. Процитовано 10 березня 2021.
  9. ↑ Attwood, T. K.; Lydon, J. E. (1984). Lyotropic Mesophase Formation by Anti-Asthmatic Drugs. Molecular Crystals and Liquid Crystals. 108 (3–4): 349. doi:10.1080/00268948408078686.
  10. ↑ Teresa K Attwood. biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser. Архів оригіналу за 3 лютого 2016. Процитовано 10 березня 2021.
  11. ↑ Terri K. Attwood. Публікації DBLP.
  12. ↑ Attwood, T. K.; Coletta, A.; Muirhead, G.; Pavlopoulou, A.; Philippou, P. B.; Popov, I.; Romá-Mateo, C.; Theodosiou, A.; Mitchell, A. L. (2012). The PRINTS database: A fine-grained protein sequence annotation and analysis resource--its status in 2012. Database. 2012: bas019. doi:10.1093/database/bas019. PMC 3326521. PMID 22508994.
  13. ↑ Attwood, T. K.; Croning, M. D.; Flower, D. R.; Lewis, A. P.; Mabey, J. E.; Scordis, P.; Selley, J. N.; Wright, W. (2000). PRINTS-S: The database formerly known as PRINTS. Nucleic Acids Research. 28 (1): 225—227. doi:10.1093/nar/28.1.225. PMC 102408. PMID 10592232.
  14. ↑ Attwood, T. K.; Bradley, P.; Flower, D. R.; Gaulton, A.; Maudling, N.; Mitchell, A. L.; Moulton, G.; Nordle, A.; Paine, K. (2003). PRINTS and its automatic supplement, prePRINTS. Nucleic Acids Research. 31 (1): 400—402. doi:10.1093/nar/gkg030. PMC 165477. PMID 12520033.
  15. ↑ Apweiler, R.; Attwood, T. K.; Bairoch, A.; Bateman, A.; Birney, E.last6=Biswas; Bucher, P.; Cerutti, L.; Corpet, F. (2001). The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites. Nucleic Acids Research. 29 (1): 37—40. doi:10.1093/nar/29.1.37. PMC 29841. PMID 11125043. {{cite journal}}: |first6= з пропущеним |last6= (довідка)
  16. ↑ Apweiler, R.; Attwood, T. K.; Bairoch, A.; Bateman, A.; Birney, E.; Biswas, M.; Bucher, P.; Cerutti, L.; Corpet, F. (2000). InterPro--an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites. Bioinformatics. 16 (12): 1145—1150. doi:10.1093/bioinformatics/16.12.1145. PMID 11159333.
  17. ↑ а б Attwood biography from biocurator.org[недоступне посилання]
  18. ↑ BioMinT: Biological Text Mining EU FP5 Quality of Life Project. Архів оригіналу за 25 липня 2012.
  19. ↑ EMBER - European Multimedia Bioinformatics Educational Resource. www.bioinf.man.ac.uk.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
  20. ↑ Platform grant: PARADIGM - Platform for Annotation, Robust Analysis, Data Integration & Genome Management. Процитовано 25 липня 2012.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
  21. ↑ COST Action: NGS-Data Analysis Network. Процитовано 25 липня 2012.
  22. ↑ start – AllBio. Архів оригіналу за 25 липня 2012.
  23. ↑ Pettifer, S.; Ison, J.; Kalas, M.; Thorne, D.; McDermott, P.; Jonassen, I.; Liaquat, A.; Fernández, J. M.; Rodriguez, J. M. (2010). The EMBRACE web service collection. Nucleic Acids Research. 38 (Web Server issue): W683—W688. doi:10.1093/nar/gkq297. PMC 2896104. PMID 20462862.
  24. ↑ European Kidney and Urine Proteomics | Eurokup. Архів оригіналу за 8 грудня 2008. Процитовано 25 липня 2012.
  25. ↑ Welcome to ELIXIR. Процитовано 26 липня 2012.
  26. ↑ Committees | GOBLET. www.mygoblet.org. Процитовано 24 серпня 2016.
  27. ↑ Corpas, M.; Jimenez, R. C.; Bongcam-Rudloff, E.; Budd, A.; Brazas, M. D.; Fernandes, P. L.; van Gelder, C.; Korpelainen, E.; Lewitter, F. (2015). The GOBLET training portal: a global repository of bioinformatics training materials, courses and trainers. Bioinformatics. 31 (1): 140—142. doi:10.1093/bioinformatics/btu601. PMC 4271145. PMID 25189782.
  28. ↑ Burge, S.; Attwood, T. K.; Bateman, A.; Berardini, T. Z.; Cherry, M.; O'Donovan, C.; Xenarios, L.; Gaudet, P. (2012). Biocurators and Biocuration: Surveying the 21st century challenges. Database. 2012: bar059. doi:10.1093/database/bar059. PMC 3308150. PMID 22434828.
  29. ↑ Lord, P. W.; Selley, J. N.; Attwood, T. K. (2002). CINEMA-MX: A modular multiple alignment editor. Bioinformatics. 18 (10): 1402—1403. doi:10.1093/bioinformatics/18.10.1402. PMID 12376388.
  30. ↑ Parry-Smith, D. J.; Payne, A. W. R.; Michie, A. D.; Attwood, T. K. (1998). CINEMA—a novel Colour INteractive Editor for Multiple Alignments. Gene. 221 (1): GC57—GC63. doi:10.1016/S0378-1119(97)00650-1. PMID 9852962.
  31. ↑ Attwood, T. K.; Kell, D. B.; McDermott, P.; Marsh, J.; Pettifer, S. R.; Thorne, D. (2010). Utopia documents: Linking scholarly literature with research data. Bioinformatics. 26 (18): i568—i574. doi:10.1093/bioinformatics/btq383. PMC 2935404. PMID 20823323.
  32. ↑ Pettifer, S. R.; Sinnott, J. R.; Attwood, T. K. (2004). UTOPIA—User-Friendly Tools for Operating Informatics Applications. Comparative and Functional Genomics. 5 (1): 56—60. doi:10.1002/cfg.359. PMC 2447318. PMID 18629035.
  33. ↑ Mitchell, A. L.; Reich, J. R.; Attwood, T. K. (2003). PRECIS: Protein reports engineered from concise information in SWISS-PROT. Bioinformatics. 19 (13): 1664—1671. doi:10.1093/bioinformatics/btg204. PMID 12967963.
  34. ↑ Mitchell, A. L.; Divoli, A.; Kim, J. -H.; Hilario, M.; Selimas, I.; Attwood, T. K. (2005). METIS: Multiple extraction techniques for informative sentences. Bioinformatics. 21 (22): 4196—4197. doi:10.1093/bioinformatics/bti675. PMID 16159915.
  35. ↑ Divoli, A.; Attwood, T. K. (2005). BioIE: Extracting informative sentences from the biomedical literature. Bioinformatics. 21 (9): 2138—2139. doi:10.1093/bioinformatics/bti296. PMID 15691860.
  36. ↑ Pettifer, S.; Thorne, D.; McDermott, P.; Marsh, J.; Villéger, A.; Kell, D. B.; Attwood, T. K. (2009). Visualising biological data: A semantic approach to tool and database integration. BMC Bioinformatics. 10: S19. doi:10.1186/1471-2105-10-S6-S19. PMC 2697642. PMID 19534744.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  37. ↑ Attwood, T. K.; Kell, D. B.; McDermott, P.; Marsh, J.; Pettifer, S. R.; Thorne, D. (2009). Calling International Rescue: Knowledge lost in literature and data landslide!. Biochemical Journal. 424 (3): 317—333. doi:10.1042/BJ20091474. PMC 2805925. PMID 19929850.
  38. ↑ Anon. Grants awarded to Terri Attwood by the EPSRC. epsrc.ac.uk. Swindon. Процитовано 25 липня 2012.
  39. ↑ Parry-Smith, David J.; Attwood, Teresa K. (1999). Introduction to bioinformatics. New York: Longman. ISBN 978-0-582-32788-7.
  40. ↑ Attwood, Teresa K.; Higgs, Paul (2005). Bioinformatics And Molecular Evolution. Cambridge, Massachusetts: Blackwell Publishers. ISBN 978-1-4051-0683-2.
  41. ↑ Attwood, Teresa K.; Pettifer, Stephen Robert; Thorne, David (2016). Bioinformatics Challenges at the Interface of Biology and Computer Science: Mind the Gap. Chichester, West Sussex ; Hoboken, New Jersey: Wiley-Blackwell. с. 424. ISBN 9780470035481. OCLC 951190363.
  42. ↑ Biochemical Journal Editorial Board. Архів оригіналу за 20 лютого 1999. Процитовано 25 липня 2012.
  43. ↑ Oxford Journals | Life Sciences | Database | Editorial board. Процитовано 25 липня 2012.
Ця стаття є заготовкою. Ви можете допомогти проєкту, доробивши її. Це повідомлення варто замінити точнішим.
Отримано з https://uk.wikipedia.org/w/index.php?title=Террі_Етвуд&oldid=43203471