У сучасному вигляді заснована 1993 року після розпаду Чехословаччини та відповідного скасування чемпіонату Чехословаччини з футболу. В 2003-14 роках носила назву Цоргонь ліга (титульним спонсором була місцева пивна торговельна марка Corgoň, що належить міжнародній пивоварній корпорації Heineken International). Носить поточну назву з сезону 2014-15.
Після розширення ліги у сезоні 2006—07, участь у її турнірі беруть 12 команд. Чемпіонат проходить у три кола — команди грають одна з одною протягом змагання тричі (двічі вдома і один раз на виїзді або навпаки). Таким чином кожен з учасників ліги проводить протягом її розіграшу 33 матчі (з них 16 або 17 на домашній арені).
Фортуна ліга пов'язана відносинами вибуття та підвищення у класі з Першою словацькою лігою — по завершенні сезону Фортуна лігу полишає команда, що набрала найменшу кількість очок, а на її місце приходить команда-переможець Першої ліги.