У 2000 році пішов з військової служби, наступного року заснував Патріотичну партію Гватемали, що займала жорстку позицію з питання боротьби зі злочинністю. Моліна брав участь у президентських виборах 2007 року в Гватемалі, набравши 771 175 (23,51 %) голосів у першому турі і 1 294 645 (47,18 %) — у другому, проте поступився Альваро Колому. На наступних президентських виборах був фаворитом не в останню чергу через непопулярність колишнього президента[4][5]