Прапор являє собою прямокутне зелене полотнище, що має співвідношення сторін 2:3, а в центрі якого розташовано герб району та напис на жовтій стрічці червоними літерами «Вовчанський район».
Геральдичний щит перетятий, увінчаний зображенням шестерні, над якою розташовано сім золотих колосків та обрамлений вінком із золотого дубового листя. У верхньому зеленому полі розміщено золотий ріг достатку та кадуцей, покладені косим хрестом; у нижньому лазуровому полі (з вигнутою зеленою базою) знаходиться срібний вовк, що біжить.