Клуб був заснований у 1907 році під назвою Футбольний клуб «Алеманія» Аугсбург. До Другої світової війни вищим досягненням «Аугсбурга» було друге місце в Гаулізі Баварія в 1940 році. Після війни він грав регулярно в Оберлізі Південь, іноді вилітаючи в нижчу лігу.
Після утворення Бундесліги «Аугсбург» залишився за її бортом виступаючи в нижчих лігах, лише в сезоні 1973/74 він був близький до успіху, коли для виходу в Бундеслігу йому не вистачило одного очка. В умовах наближення фінансового краху, «Аугсбург» об'єднався з футбольною командою суспільства «TSV Schwaben» Аугсбург в липні 1969 року, проте Schwaben залишилися незадоволені результатом об'єднання та відтворили власну футбольну команду в 1970 році.
Перший раз у Другій Бундеслізі клуб виступав у сезоні 1982/83, після чого аж до 2006 року грав у нижчих лігах Німеччини. У сезоні 2006/07 клуб знову став грати у Другій Бундеслізі, посівши 7-е місце. У сезоні 2009/10 «Аугсбург» посів третє місце у Другій Бундеслізі і отримав право поборотися за вихід у Першу Бундеслігу у стикових матчах з іншим баварським клубом — «Нюрнбергом», але програв у обох матчах — 0:1 на виїзді і 0:2 вдома.
У сезоні 2010/11 клуб пробився до вищого дивізіону, посівши 2 місце в Другій Бундеслізі. В дебютному сезоні у першій Бундеслізі клуб посів чотирнадцяту місце. Найкращим бомбардиром клубу тоді став кореєцьКу Джа-Чхоль. В сезоні 2014-15 «Аугсбург» став одним із відкриттів, посівше високе п'яте місце, залишивши позаду такі команди, як «Шальке» і «Боруссія» Дортмунд. Цей результат дозволив клубу вперше в історії пробитись до Ліги Європи.
16 серпня 2015 року було оголошено про рекордний трансфер в історії «Аугсбурга», коли захисник німецької команди Абдул Рахман Баба перейшов до англійського «Челсі»[1]. Хоча офіційну суму трансфера не було розголошено, відомо, що вона склала близько 20 мільйонів фунтів стерлінгів[2]. Причому влітку 2014 «Аугсбург» заплатив за ганця лише в районі 2,5 мільйонів євро.