Дочка чеського графа зі старовинного роду Хотеків. Привернула увагу Франца Фердинанда, мабуть, на балу; протягом кількох років їхній зв'язок тримався в таємниці. Часті відвідування ерцгерцогом будинку герцога Тешинського пояснювали його наміром одружитися з дочкою герцога.
У 1899 році Франц-Фердинанд - спадкоємець імператора Франца-Йосифа - шокував австрійський двір, оголосивши про свій намір взяти за дружину 30-річну графиню Хотек. Незважаючи на енергійну протидію самого імператора і папи римського (позицію яких розділяли німецький кайзер і російський цар) Франц-Фердинанд 1 липня 1900 року в Рейхштадті одружувався зі своєю обраницею. На церемонії не був присутній ніхто з Габсбургів.
Нащадок від шлюбу Франца-Фердинанда з чеською графинею Франца-Йосифа,
виключалося із спадкоємців австрійського престолу. У всіх придворних церемоніалах Софія йшла за численними ерцгерцогинями. Не бажаючи миритися з таким становищем, подружжя залишило подвір'я та оселилося в замку Артштеттен, де вони обоє і були згодом поховані.