У найпростіших великі частки захоплюються в фагоцитарні вакуолі, які зливаються з лізосомами. Продукти перетравлення проникають у цитозоль і використовуються як їжа. У багатоклітинних організмів більшість клітин не здатні ефективно поглинати великі частки. Для цієї мети існують фагоцити — спеціальні клітини, які здійснюють фагоцитоз. Фагосоми в фагоцитах так само, як у найпростіших, зливаються з первинними лізосомами і формують вторинні лізосоми, в яких захоплений матеріал деградує. Неперетравлені речовини залишаються у вторинних лізосомах, утворюючи залишкові тільця. Випадковий або обумовлений рецепторами контакт мікробної клітини з фагоцитом (макрофагом, нейтрофілом) призводить до утворення виростів мембрани — псевдоподій, оточуючих чужорідну клітину, і формуванню везикули — фагосоми. Фагосома занурюється в клітину, де після злиття з лізосомами утворює фаголізосому[1].
