Народився 19 травня1996 року в місті Тоффія. Вихованець клубу «Сієна»[1], в академії якого навчався з 15 років, втім після банкрутства клубу у 2014 році Боніфаці перейшов у «Торіно»[2]. З 2015 року для отримання ігрової практики здавався в клуби нижчих дивізіонів «Беневенто», «Казертана» та СПАЛ, допомігши останньому виграти Серію Б 2016/17 і вийти до вищого дивізіону.
Повернувшись 2017 року до «Торіно», Боніфаці знову не зміг закріпитись в основі, хоча і дебютував у Серії А 31 березня 2018 року, замінивши Ніколя Н'Кулу в грі проти «Кальярі» (4:0)[3]. Зігравши лише 6 ігор в усіх турнірах на сезон, влітку 2018 року Боніфаці знову був відданий в оренду в СПАЛ[4]. Цього разу відіграв за сезон за феррарський клуб 27 матчів в національному чемпіонаті, після чого повернувся до «Торіно».
За півроку у Турині виходив на поле лише у семи іграх, лише три з яких у чемпіонаті, після чого у січні 2020 року утретє прийшов до СПАЛа, цього разу на умовах повноцінного контракту. Сезон 2019/20 команда завершила на останньому місці Серії A і понизлася в класі, після чого СПАЛ вирішив за краще віддати захисника в оренду до «Удінезе», аби він не втрачав практику виступів на найвищому рівні. Протягом сезону 2020/21 був основним гравцем команди з Удіне, проте по його завершенні клуб не скористався правом викупу Боніфаці. Натомість у липні 2021 року гравець приєднався до «Болоньї».