Вихованець мексиканського футболу, дебютував на професійному рівні в сезоні 2003—2004 у складі команди представника елітного дивізіону чемпіонату Мексики клубу «Гвадалахара». Відіграв за цей клуб протягом 5 сезонів, 2006 року разом із командою здобув золоті нагороди національної першості.
Влітку 2008 року переїхав до Європи, уклавши контракт з представником нідерландської Ередивізі клубом ПСВ (Ейндговен). Сума трансферу склала 2,5 млн. фунтів[1]. Протягом першого сезону у новій команді рідко потрапляв до стартового складу, однак вже з наступного сезону 2009—2010 став одним з основних захисників ПСВ.
15 липня 2011 року Франсіско Родрігес перейшов у «Штутгарт», підписавши 4-річний контракт.[2]
2004 року отримав виклик до збірної Мексики, яка саме готувалася до участі в тогорічних Літніх Олімпійських іграх. Під час футбольного турніру Олімпіади повністю відіграв в усіх трьох іграх групового етапу, який мексиканцям подолати не вдалося.
Перший повний матч на чемпіонатах світу провів лише за чотири роки, 11 червня 2010 відігравши матч-відкриття чемпіонату світу 2010, в якому мексиканці зіграли внічию 1:1 з господарями фінального турніру збірною Південно-Африканської Республіки. На момент початку цього змагання гравець мав в активі 48 ігор та 1 забитий м'яч у складі національної команди.
Мексика
ПАР
