COVID-19 Genomics UK Consortium

Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
Перейти до навігації Перейти до пошуку
COVID-19 Genomics UK Consortium
Дата створення / заснування березень 2020
Країна  Велика Британія
Кількість підписників у соціальних мережах 18 122
Офіційний сайт​(англ.)

COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) — група агенцій охорони здоров'я та наукових установ Великої Британії, створена в квітні 2020 року[1][2][3] для збору, секвенування та аналізу геномів SARS-CoV-2 в рамках протидії пандемії COVID-19. До консорціуму увійшли чотири британські агенції охорони здоров'я, організації Національної служби охорони здоров'я, академічні партнери та Інститут Велкома Сенгера. Консорціум став відомий тим, що в листопаді 2020 року вперше ідентифікував Альфа-варіант SARS-CoV-2 (на той час він називався Variant of Concern 202012/01).[4] Станом на січень 2021 року 45 % усіх послідовностей SARS-CoV-2, завантажено в базу даних секвенування GISAID, походили від COG-UK.[5][6][7]

У квітні 2021 року COVID-19 Genomics UK Consortium розпочав запланований перехід секвенування до використання всередині країни із завершенням цього процсу до вересня 2021 року.[8] Консорціум заявив, що їх пріоритетами після цього переходу є зв'язок даних, дослідження та міжнародне навчання.[9]

Вплив консорціуму[ред. | ред. код]

Раннє та широкомасштабне скоординоване національне секвенування геномів вірусу SARS-CoV-2 разом із відкритим та швидким обміном геномними даними мало такий вплив на перші 12 місяців заходів боротьби з пандемією COVID-19[10]:

  1. Уможливлення ідентифікації та моніторингу «Варіантів, що викликають занепокоєння» та «Варіантів, які спостерігаються», для інформування щодо дій у сфері охорони здоров'я та прийняття політичних рішень.[5]
  2. Відстеження появи та поширення COVID-19 для інформування про прикордонний контроль, боротьбу зі спалахами та політику охорони здоров'я.[11]
  3. Сприяння ключовим дослідженням COVID-19 у Великій Британії:
    • Дослідження COG-UK HOCI (Hospital-Onset COVID-19 Infections)[12]
    • Огляд національної статистики (ONS) COVID-19 Infection Survey (CIS)[13]
    • Дослідження «Оцінка місцевої передачі вірусу в реальному часі» (REACT)[14]
    • Дослідження Vivaldi[15]
    • Дослідження вакцини Oxford–AstraZeneca[16]
    • Дослідження вакцини Novavax[17]
  4. Подальше розуміння біології та еволюції вірусу SARS-CoV-2 для спрямування напрямку методів лікування, розробки вакцин і діагностики.[18]
  5. Посилення заходів проти пандемії шляхом швидкого оприлюднення даних про геном і розробки ефективних і рентабельних протоколів секвенування та інструментів аналізу публічних даних у відкритому доступі.[19]

У квітні 2021 року консорціум оголосив про свої стратегічні пріоритети на наступні 12 місяців[9]:

  1. Підвищити цінність даних про послідовність вірусного геному за рахунок більш широкого зв'язку даних, включаючи дані про геном людини та набори клінічних даних
  2. Продовжити подальший розвиток досліджень передачі SARS-CoV-2, варіантів, методів та інструментів аналізу
  3. Координувати глобальну навчальну програму геноміки SARS-CoV-2

Структура[ред. | ред. код]

COVID-19 Genomics UK Consortium підтримувався фінансуванням у розмірі 20 мільйонів фунтів стерлінгів від міністерства охорони здоров'я та соціального забезпечення, управління досліджень та інновацій Великої Британії та Інституту Велкома Сенгера.[1] 16 листопада 2020 року консорціум також отримав підтримку Інноваційного фонду тестування міністерства охорони здоров'я та соціального забезпечення, щоб сприяти секвенуванню геному, необхідному для розробки заходів на зростаючу кількість випадків COVID-19 у Великій Британії в зимовий період.[20]

Партнерами в консорціумі були Інститут Сенгера, «Quadram Institute» та ще 15 університетів[21], включаючи Королівський університет Белфасту, Бірмінгемський університет, Кардіффський університет, Кембриджський університет, Единбурзький університет, Ексетерський університет, Університет Глазго, Ліверпульський університет, Нортумбрійський університет, Ноттінгемський університет, Оксфордський університет, Портсмутський університет, Університетський коледж Лондона, Імперський коледж Лондона та Шеффілдський університет.[22]

Ключова особа[ред. | ред. код]

Першим ініціатором[23] і виконавчим директором консорціуму є Шерон Пікок, професор і мікробіолог Кембриджського університету.[24][5] Від початку пандемії до вересня 2021 року Пікок була відряджена на неповний робочий день у службу охорони здоров'я Англії як директор з науки, де вона зосереджувалася на розробці секвенування патогенів через COVID-19 Genomics UK Consortium.[25]

Події[ред. | ред. код]

Під час пандемії COVID-19 широко використовувалися інструменти, розроблені членами консорціуму, зокрема, наприклад, «Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages» (PANGOLIN)[26] і «COG-UK Mutation Explorer».[27] Альфа-варіант SARS-CoV-2 був виявлений у листопаді 2020 року консорціумом «COVID-19 Genomics UK Consortium»[4][28], і цей варіант став предметом тогочасних досліджень британськими агенціями охорони здоров'я, координованими Службою охорони здоров'я Англії та за підтримки «COVID-19 Genomics UK».[29]

До грудня 2020 року кількість послідовностей, завантажених у GISAID COVID-19 Genomics UK Consortium, становила трохи менше 5 % усіх випадків COVID-19 у Великій Британії, порівняно з 3,2 % у США і 60 % в Австралії.[5] Приблизно 60 % з них були секвеновані в Інституті Велкома Сенгера[24], і консорціум COVID-19 Genomics UK Consortium, як повідомляється, зрозумів «генетичну історію понад 150 тисяч зразків вірусу SARS-CoV-2».[30]

За даними веб-сайту COVID-19 Genomics UK Consortium, до грудня 2021 року у Великій Британії секвенувала понад 1,8 мільйона геномів SARS-CoV-2.[31]

Вибрані публікації[ред. | ред. код]

  • Lo, Stephanie W.; Jamrozy, Dorota (20 July 2020). «Genomics and epidemiological surveillance». Nature Reviews. Microbiology: 1. doi:10.1038/s41579-020-0421-0.ISSN 1740-1526. PMC 7371787. PMID 32690878. (англ.)
  • Meredith, Luke W.; Hamilton, William L.; Warne, Ben; Houldcroft, Charlotte J.; Hosmillo, Myra; Jahun, Aminu S.; Curran, Martin D.; Parmar, Surendra; Caller, Laura G.; Caddy, Sarah L.; Khokhar, Fahad A. (1 листопада 2020). «Rapid implementation of SARS-CoV-2 sequencing to investigate cases of health-care associated COVID-19: a prospective genomic surveillance study». The Lancet Infectious Diseases. 20 (11): 1263—1271. doi:10.1016/S1473-3099(20)30562-4. ISSN 1473-3099. PMID 32679081. (англ.)
  • da Silva Filipe, Ana; Shepherd, James G.; Williams, Thomas; Hughes, Joseph; Aranday-Cortes, Elihu; Asamaphan, Patawee; Ashraf, Shirin; Balcazar, Carlos; Brunker, Kirstyn; Campbell, Alasdair; Carmichael, Stephen (січень 2021). «Genomic epidemiology reveals multiple introductions of SARS-CoV-2 from mainland Europe into Scotland». Nature Microbiology. 6 (1): 112—122. doi:10.1038/s41564-020-00838-z. ISSN 2058-5276. (англ.)
  • Emary, Katherine R. W.; Golubchik, Tanya; Aley, Parvinder K.; Ariani, Cristina V.; Angus, Brian; Bibi, Sagida; Blane, Beth; Bonsall, David; Cicconi, Paola; Charlton, Sue; Clutterbuck, Elizabeth A. (10 April 2021). «Efficacy of ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) vaccine against SARS-CoV-2 variant of concern 202012/01 (B.1.1.7): an exploratory analysis of a randomised controlled trial». The Lancet. 397 (10282): 1351—1362. doi:10.1016/S0140-6736(21)00628-0. ISSN 0140-6736. PMC 8009612. PMID 33798499. (англ.)
  • Nicholls, Samuel M.; Poplawski, Radoslaw; Bull, Matthew J.; Underwood, Anthony; Chapman, Michael; Abu-Dahab, Khalil; Taylor, Ben; Colquhoun, Rachel M.; Rowe, Will P. M.; Jackson, Ben; Hill, Verity (1 July 2021). «CLIMB-COVID: continuous integration supporting decentralised sequencing for SARS-CoV-2 genomic surveillance». Genome Biology. 22 (1): 196. doi:10.1186/s13059-021-02395-y. ISSN 1474-760X. PMC 8247108. PMID 34210356. (англ.)
  • Vöhringer, Harald S.; Sanderson, Theo; Sinnott, Matthew; De Maio, Nicola; Nguyen, Thuy; Goater, Richard; Schwach, Frank; Harrison, Ian; Hellewell, Joel; Ariani, Cristina V.; Gonçalves, Sonia (грудень 2021). «Genomic reconstruction of the SARS-CoV-2 epidemic in England». Nature. 600 (7889): 506—511. doi:10.1038/s41586-021-04069-y. ISSN 1476-4687. PMC 8674138. PMID 34649268. (англ.)

Примітки[ред. | ред. код]

  1. ↑ а б UK launches whole genome sequence alliance to map spread of coronavirus. COG-UK Consortium (англ.). 23 березня 2020. Архів оригіналу за 25 вересня 2020. Процитовано 23 грудня 2020.
  2. ↑ Peacock, Sharon (17 грудня 2020). A short history of the COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium. COG-UK Consortium (англ.). Архів оригіналу за 17 грудня 2020. Процитовано 19 січня 2021.
  3. ↑ Gallagher, James (23 березня 2020). Coronavirus to be tracked using its genetic code. www.bbc.co.uk. Процитовано 27 січня 2021. (англ.)
  4. ↑ а б Wise, Jacqui (16 грудня 2020). Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK. BMJ (англ.). 371: m4857. doi:10.1136/bmj.m4857. ISSN 1756-1833. PMID 33328153. (англ.)
  5. ↑ а б в г Cyranoski, David (15 січня 2021). Alarming COVID variants show vital role of genomic surveillance. Nature (англ.). 589 (7842): 337—338. Bibcode:2021Natur.589..337C. doi:10.1038/d41586-021-00065-4. PMID 33452508.
  6. ↑ In tracking Covid mutations, most countries flying blind. www.nst.com.my. 22 січня 2021. Процитовано 23 січня 2021. (англ.)
  7. ↑ Bio-Britain is leading the world in the science of Covid. Daily Telegraph (англ.). 10 січня 2021. Архів оригіналу за 12 січня 2022.
  8. ↑ How SARS-CoV-2 sequencing is becoming a national service. COG-UK consortium. 23 липня 2021. Архів оригіналу за 25 липня 2021. (англ.)
  9. ↑ а б What next for COG-UK?. 20 квітня 2021. Архів оригіналу за 20 квітня 2021. (англ.)
  10. ↑ Lo, Stephanie W.; Jamrozy, Dorota (20 липня 2020). Genomics and epidemiological surveillance. Nature Reviews Microbiology (англ.). 18 (9): 478. doi:10.1038/s41579-020-0421-0. ISSN 1740-1534. PMC 7371787. PMID 32690878. (англ.)
  11. ↑ Davies, Nicholas G.; Abbott, Sam; Barnard, Rosanna C.; Jarvis, Christopher I.; Kucharski, Adam J.; Munday, James D.; Pearson, Carl A. B.; Russell, Timothy W.; Tully, Damien C.; Washburne, Alex D.; Wenseleers, Tom (9 квітня 2021). Estimated transmissibility and impact of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England. Science (англ.). 372 (6538): eabg3055. doi:10.1126/science.abg3055. ISSN 0036-8075. PMC 8128288. PMID 33658326.
  12. ↑ COG-UK HOCI. 4 листопада 2020. Архів оригіналу за 5 листопада 2021. (англ.)
  13. ↑ COVID-19 Infection Survey. Архів оригіналу за 1 березня 2021. (англ.)
  14. ↑ Real-time Assessment of Community Transmission (REACT) Study. Архів оригіналу за 6 липня 2020. (англ.)
  15. ↑ Vivaldi study: results. Архів оригіналу за 28 травня 2021. (англ.)
  16. ↑ Emary, Katherine R. W.; Golubchik, Tanya; Aley, Parvinder K.; Ariani, Cristina V.; Angus, Brian; Bibi, Sagida; Blane, Beth; Bonsall, David; Cicconi, Paola; Charlton, Sue; Clutterbuck, Elizabeth A. (10 квітня 2021). Efficacy of ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) vaccine against SARS-CoV-2 variant of concern 202012/01 (B.1.1.7): an exploratory analysis of a randomised controlled trial. The Lancet (англ.). 397 (10282): 1351—1362. doi:10.1016/S0140-6736(21)00628-0. ISSN 0140-6736. PMC 8009612. PMID 33798499.
  17. ↑ PREVENT-19: A COVID-19 vaccine candidate clinical trial. Архів оригіналу за 28 грудня 2020. (англ.)
  18. ↑ Boshier, Florencia A. T.; Pang, Juanita; Penner, Justin; Parker, Matthew; Alders, Nele; Bamford, Alasdair; Grandjean, Louis; Grunewald, Stephanie; Hatcher, James; Best, Timothy; Dalton, Caroline (2022). Evolution of viral variants in remdesivir-treated and untreated SARS-CoV-2-infected pediatrics patients. Journal of Medical Virology (англ.). 94 (1): 161—172. doi:10.1002/jmv.27285. ISSN 1096-9071. PMC 8426849. PMID 34415583.
  19. ↑ Nicholls, Samuel M.; Poplawski, Radoslaw; Bull, Matthew J.; Underwood, Anthony; Chapman, Michael; Abu-Dahab, Khalil; Taylor, Ben; Colquhoun, Rachel M.; Rowe, Will P. M.; Jackson, Ben; Hill, Verity (1 липня 2021). CLIMB-COVID: continuous integration supporting decentralised sequencing for SARS-CoV-2 genomic surveillance. Genome Biology. 22 (1): 196. doi:10.1186/s13059-021-02395-y. ISSN 1474-760X. PMC 8247108. PMID 34210356.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання) (англ.)
  20. ↑ Nov 2020, COG-UK 16 (16 листопада 2020). £12.2 million boost for SARS-CoV-2 real-time genomic surveillance - COG-UK Consortium. www.cogconsortium.uk (англ.). Процитовано 19 січня 2021.
  21. ↑ Gulland, Anne (27 грудня 2020). UK coronavirus variant: 'we're being sanctioned for transparency'. Daily Telegraph. Архів оригіналу за 12 січня 2022. (англ.)
  22. ↑ Consortium Partners. COG-UK Consortium. Процитовано 22 грудня 2020. (англ.)
  23. ↑ Kirka, Danica (21 січня 2022). U.K. virus hunting labs seek to bolster global variant network. Newspapers.com (англ.). Harlingen, Texas: Valley Morning Star. Associated Press. с. A28. Процитовано 17 лютого 2023.
  24. ↑ а б How Britain has done so much sequencing of the coronavirus genome. www.economist.com. 16 січня 2021. Процитовано 28 лютого 2021. (англ.)
  25. ↑ Professor Sharon Peacock - CBE FMedSci | Website and Blog. Sharon Peacock (англ.). Архів оригіналу за 12 квітня 2021. Процитовано 19 січня 2021.
  26. ↑ COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium Report #10 -11th August 2020 (see section 'Summary of major tools and pipelines developed by COG-UK') (PDF). www.cogconsortium.uk (англ.). 11 серпня 2020. Процитовано 23 січня 2021.
  27. ↑ COG-UK Mutation Explorer (англ.)
  28. ↑ The new Covid variants are a peril to us all. Financial Times. 15 січня 2021.
  29. ↑ Dec 2020, COG-UK 14 (14 грудня 2020). Update on new SARS-CoV-2 variant and how COG-UK tracks emerging mutations - COG-UK Consortium. www.cogconsortium.uk (англ.). Процитовано 19 січня 2021.
  30. ↑ Schraer, Rachel (22 грудня 2020). Covid: New variant found 'due to hard work of UK scientists'. www.bbc.co.uk. Процитовано 23 січня 2021. (англ.)
  31. ↑ COVID-19 Genomics Consortium. 31 грудня 2021. Архів оригіналу за 28 квітня 2020. (англ.)

Посилання[ред. | ред. код]

Хронологія
Штами
Вплив
Події
Установи
Лікарні та готелі
Організації
Особи
Медичні працівники
Науковці
Посадові особи
ВООЗ
Країни
Інші
Померли
Довідкові видання
Нормативний контроль
Отримано з https://uk.wikipedia.org/w/index.php?title=COVID-19_Genomics_UK_Consortium&oldid=41965356