До створення Малайзії 16 вересня 1963 року, збірна Малайзії була знана як збірна Малайї з футболу. Найбільшим досягненням збірної Малайї була бронза Азійських ігор 1962 року, що відбулися в Джакарті, Індонезія.
У 1994 році футбол в Малайзії був втягнутий в один з найбільших корупційних скандалів в країні. Через відсутність коштів Малайзія не змогла повторити досягнення 1970-х і 1980-х років, попри запрошення тренером Клода Ле Руа.
29 грудня2010 року збірна Малайзії вперше в історії здобула перемогу на Кубку Судзукі АСЕАН. Перший матч фіналу проти збірної Індонезії футболісти з Малайзії виграли з рахунком 3:0, другий - завершився з рахунком 2:1 на користь Індонезії, за результатами двох матчів переможцями турніру стала збірна Малайзії. У зв'язку з перемогою влада Малайзії оголосила п'ятницю, 31 грудня, неробочим днем [2].