20 жовтня 1992 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Саудівської Аравії в матчі фіналу Кубка Короля Фахда 1992 року проти Аргентини, в якому саудити поступились 1:3 і не здобули трофей. Восени того ж року Аль-Хілайві поїхав з командою на Кубок Азії 1992 року в Японії, де його команда знову поступилась у фінальному матчі, на цей раз господарям японцям 0:1 і здобула «срібло».
Через два роки поїхав на перший в історії збірної чемпіонат світу 1994 року у США, де саудіти сенсаційно вийшли в плей-оф, а сам Мохаммед зіграв у всіх чотирьох матчах.
Згодом брав участь з командою у домашньому Кубку Короля Фахда 1995 року, а також футбольному турнірі Олімпійських ігор 1996 року у Атланті[2], будучи одним з двох гравців, старше 23-років, втім збірна виступала невдало, не виходячи з групи. Але у грудні 1996 року в Кубку Азії 1996 року в ОАЕ Саудівська Аравія здобула титул переможця турніру, а сам Аль-Хілайві зіграв у всіх п'яти матчах. Ця перемога дозволила збірній поїхати на перший в історії розіграш Кубка конфедерацій 1997 року у Саудівській Аравії. На цьому турнірі 16 грудня 1997 Аль-Хілайві забив свій перший гол за збірну у грі проти Австралії (1:0), принісши перемогу своїй команді, втім вона не дозволила азіатам вийти з групи.
Наступного року зіграв на другому для себе чемпіонаті світу 1998 року у Франції, зігравши у двох матчах. Ще напередодні турніру, 9 травня 1998 року, Мохаммед провів свій 100-й матч за збірну у товариській грі Тринідаду і Тобаго (2:1).
Згодом зіграв у складі збірної на Кубку конфедерацій 1999 року у Мексиці, ставши з командою четвертим і Кубку Азії 2000 року у Лівані, де разом з командою здобув «срібло». 5 жовтня 2001 року у матчі проти Ірану (2:1) зіграв свій останній матч за збірну, який став 163 у кар'єрі[3][4][5]. За цим показником Аль-Хілайві став дев'ятим футболістом в історії за кількістю зіграних матчів за збірну.
Помер 13 червня2013 року на 42-му році життя у місті Джидда від серцевої недостатності[6].