Історія клубу почалась з купівлі ліцензії в однієї з команд передмістя Лейпцига Маркранштадта. Зберігши команду та тренера Тіно Фогеля. Президентом став відомий в минулому футболіст Дітмар Баєрсдорфер. Через рік клуб змінив стадіон та почав свої виступи на «Центральштадіон», який згодом отримав нову назву «Ред Булл Арена».
У сезоні 2010/11 клуб дебютував у Регіональній лізі «Північ», очолив команду Томас Орал.
Вже за результатами сезону 2015/16 «РБ Лейпциг» вийшов до Першої Бундесліги, де у своєму дебютному сезоні 2016/17 новачок найвищого дивізіону виборов срібні нагороди першості, напряму отримавши місце у груповому етапі Ліги чемпіонів 2017/18.
Другий сезон в елітному німецькому дивізіоні для лейпцизького клубу став менш успішним — шостий рядок у підсумковій турнірній таблиці чемпіонату і місце у другому кваліфікаційному раунді Ліги Європи наступного сезону. Надалі клуб із Лейпцига регулярно потрапляв до трійки призерів Бундесліги. Виключенням став сезон 2021/22, коли команда під керівництвом Доменіко Тедеско фінішувала на четвертому місці.
У єврокубках «РБ Лейпциг» двічі зупинявся за крок до фіналу: спочатку в сезоні 2019/20 команда поступилася ПСЖ в єдиній грі (через пандемію Covid-19) з рахунком 0:3, а в сезоні 2021/22 німецький колектив до фіналу Ліги Європи не пустив шотландський «Рейнджерс» - 1:0 і 1:3. Також в цьому сезоні «РБ Лейпциг» досягнув свого найбільшого успіху в історії, вигравши Кубок Німеччини.