Починав тренерську кар'єру у середині 1970-х роботою з аматорськими командами.
1978 року був запрошений на посаду помічника головного тренера в очолюваний Гансом Кроном тренерський штаб «ВВВ-Венло». Вже протягом частини наступного року виконував обов'язки головного тренера команди, а 1981 року очолив її на постійній основі. Тренував «ВВВ-Венло» до 1988 року та згодом протягом частини 1989 року, після чого на шість років очолив тренерський штаб команди МВВ.
Згодом протягом 2001–2004 років працював у Бельгії, тренуючи «Генк». Під його керівництвом команда в сезоні 2001/02 вигравала чемпіонат Бельгії, а Вергоссена визнавали Тренером року у Бельгії.
Останнім місцем тренерської роботи спеціаліста був ПСВ, де він працював протягом частини 2008 року, зробивши свій внесок у здобуття титулу чемпіона Нідерландів в сезоні 2007/08.