Місто розташоване на лівому березі Кубані, при виході її з північних передгір'їв Великого Кавказу, у місці впадання в неї притоки Уруп, за 202 км на південний схід від Краснодару. Важливий транспортний вузол. Незабаром буде добудовано нова РЛС (потужніша за Габалінську РЛС в Азербайджані), що доповнить силову присутність в місті.
У 1839 році було створено селище Армянський аул, розташований на березі Кубані, напроти російської фортеці Прочний Окоп. Сюди за наказом генерала Григорія Христофоровича Засса майором Венеровьским під прикриттям солдатів Тенгінського піхотного полку переселені 800 вірменських сімей з черкеських (адигських) аулів (черкесогаї). На початку XIX сторіччя завершилася поступова ісламізація адигів, й за умов бойових дій на Кавказі, становище вірменів (відповідно християн) у цих аулах стала критичною.
У 1848 році поселення отримало назву Армавірський аул на вшанування древньої вірменської столиці Армавіра. Своє ім'я Армавір отримав завдяки вірмено-григоріанському священику Петросу Патканяну.
У 1875 році через Армавір прокладають Владикавказьку залізницю.
У 1876 році аул набув статусу села.
У 1908 році розпочато будівництво «Армавир-Туапсинської залізниці».
У 1914 році село набуло статусу міста.
З 1996 року Армавір — муніципальне утворення, місто крайового підпорядкування.