PUM1

PUM1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1IB2, 1M8W, 1M8X, 1M8Y, 1M8Z, 2YJY, 3BSB, 3BSX, 3Q0L, 3Q0M, 3Q0N, 3Q0O, 3Q0P
Ідентифікатори
Символи	PUM1, HSPUM, PUMH, PUMH1, PUML1, pumilio RNA binding family member 1, SCA47
Зовнішні ІД	OMIM: 607204 MGI: 1931749 HomoloGene: 22830 GeneCards: PUM1
Пов'язані генетичні захворювання
spinocerebellar ataxia 47
Онтологія гена Молекулярна функція • mRNA 3'-UTR binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding • miRNA binding Клітинна компонента • цитоплазма • P-body • cytoplasmic stress granule • клітинне ядро • нуклеоплазма • гіалоплазма • nuclear speck Біологічний процес • GO:1905616 regulation of gene silencing by miRNA • диференціація клітин • regulation of mRNA stability • adult locomotory behavior • GO:1905618 positive regulation of gene silencing by miRNA • stem cell differentiation • regulation of cell cycle • posttranscriptional gene silencing • regulation of chromosome segregation • positive regulation of RIG-I signaling pathway • mRNA destabilization • Сперматогенез • regulation of translation • posttranscriptional regulation of gene expression • production of miRNAs involved in gene silencing by miRNA Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	9698	80912
Ensembl	ENSG00000134644	ENSMUSG00000028580
UniProt	Q14671	Q80U78
RefSeq (мРНК)	NM_014676 NM_001020658	NM_001159603 NM_001159604 NM_001159605 NM_001159606 NM_030722
RefSeq (білок)	NP_001018494 NP_055491	NP_001153075 NP_001153076 NP_001153077 NP_001153078 NP_109647 NP_001343493 NP_001343494 NP_001343495
Локус (UCSC)	Хр. 1: 30.93 – 31.07 Mb	н/д
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

PUM1 (англ. Pumilio RNA binding family member 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 186 амінокислот, а молекулярна маса — 126 473.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSVACVLKRK		AVLWQDSFSP		HLKHHPQEPA		NPNMPVVLTS		GTGSQAQPQP
AANQALAAGT		HSSPVPGSIG		VAGRSQDDAM		VDYFFQRQHG		EQLGGGGSGG
GGYNNSKHRW		PTGDNIHAEH		QVRSMDELNH		DFQALALEGR		AMGEQLLPGK
KFWETDESSK		DGPKGIFLGD		QWRDSAWGTS		DHSVSQPIMV		QRRPGQSFHV
NSEVNSVLSP		RSESGGLGVS		MVEYVLSSSP		GDSCLRKGGF		GPRDADSDEN
DKGEKKNKGT		FDGDKLGDLK		EEGDVMDKTN		GLPVQNGIDA		DVKDFSRTPG
NCQNSANEVD		LLGPNQNGSE		GLAQLTSTNG		AKPVEDFSNM		ESQSVPLDPM
EHVGMEPLQF		DYSGTQVPVD		SAAATVGLFD		YNSQQQLFQR		PNALAVQQLT
AAQQQQYALA		AAHQPHIGLA		PAAFVPNPYI		ISAAPPGTDP		YTAGLAAAAT
LGPAVVPHQY		YGVTPWGVYP		ASLFQQQAAA		AAAATNSANQ		QTTPQAQQGQ
QQVLRGGASQ		RPLTPNQNQQ		GQQTDPLVAA		AAVNSALAFG		QGLAAGMPGY
PVLAPAAYYD		QTGALVVNAG		ARNGLGAPVR		LVAPAPVIIS		SSAAQAAVAA
AAASANGAAG		GLAGTTNGPF		RPLGTQQPQP		QPQQQPNNNL		ASSSFYGNNS
LNSNSQSSSL		FSQGSAQPAN		TSLGFGSSSS		LGATLGSALG		GFGTAVANSN
TGSGSRRDSL		TGSSDLYKRT		SSSLTPIGHS		FYNGLSFSSS		PGPVGMPLPS
QGPGHSQTPP		PSLSSHGSSS		SLNLGGLTNG		SGRYISAAPG		AEAKYRSASS
ASSLFSPSST		LFSSSRLRYG		MSDVMPSGRS		RLLEDFRNNR		YPNLQLREIA
GHIMEFSQDQ		HGSRFIQLKL		ERATPAERQL		VFNEILQAAY		QLMVDVFGNY
VIQKFFEFGS		LEQKLALAER		IRGHVLSLAL		QMYGCRVIQK		ALEFIPSDQQ
NEMVRELDGH		VLKCVKDQNG		NHVVQKCIEC		VQPQSLQFII		DAFKGQVFAL
STHPYGCRVI		QRILEHCLPD		QTLPILEELH		QHTEQLVQDQ		YGNYVIQHVL
EHGRPEDKSK		IVAEIRGNVL		VLSQHKFASN		VVEKCVTHAS		RTERAVLIDE
VCTMNDGPHS		ALYTMMKDQY		ANYVVQKMID		VAEPGQRKIV		MHKIRPHIAT
LRKYTYGKHI		LAKLEKYYMK		NGVDLGPICG		PPNGII

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як регуляція трансляції, диференціація, сперматогенез, ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі.

Література

• Spassov D.S., Jurecic R. (2002). Cloning and comparative sequence analysis of PUM1 and PUM2 genes, human members of the Pumilio family of RNA-binding proteins. Gene. 299: 195—204. PMID 12459267 DOI:10.1016/S0378-1119(02)01060-0
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Leibovich L., Mandel-Gutfreund Y., Yakhini Z. (2010). A structural-based statistical approach suggests a cooperative activity of PUM1 and miR-410 in human 3'-untranslated regions. Silence. 1: 17—17. PMID 20860814 DOI:10.1186/1758-907X-1-17
• Filipovska A., Razif M.F., Nygaard K.K., Rackham O. (2011). A universal code for RNA recognition by PUF proteins. Nat. Chem. Biol. 7: 425—427. PMID 21572425 DOI:10.1038/nchembio.577
• Miles W.O., Tschop K., Herr A., Ji J.Y., Dyson N.J. (2012). Pumilio facilitates miRNA regulation of the E2F3 oncogene. Genes Dev. 26: 356—368. PMID 22345517 DOI:10.1101/gad.182568.111
• Wang X., Zamore P.D., Hall T.M.T. (2001). Crystal structure of a Pumilio homology domain. Mol. Cell. 7: 855—865. PMID 11336708 DOI:10.1016/S1097-2765(01)00229-5

Див. також

• Хромосома 1