Місто засновано 1680 року. Наприкінці XVII століття Карлскруну ретельно розпланували найкращі архітектори того часу, і до сьогодні вона залишається одним із найяскравіших зразків пізньоренесансного містобудівництва, тому належить до списку Всесвітньої спадщини. Серед пам'яток архітектури — найбільша в країні дерев'яна церква (1685) і два розкішні барокові храми початку XVIII ст. — кірха Святої Трійці (Німецька кірха, 1709) і кірха Фредріка (1744). Обидві спроектував Тессін-молодший).
Під час Північної війни Карлскруна була одним із найнаселеніших міст Швеції, а місцевий порт — найбільшим у Скандинавії роботодавцем. З падінням військової потуги знизилось і значення Карлскруни, тепер це спокійне провінційне місто.