У давні часи місто було відоме як Мец Кзнут, в 1830-1922 рр. побутувала назва Неркін Ґаранлух, а в 1926 році назва була змінена на Мартуні, на честь першого радянського прем'єра Вірменії, Олександра Мяснікяна, чий псевдонім був "Мартуні". Мартуні була колишнім адміністративним центром Ґегаркуніку. В Мартуні є церква Аствацацин, яка була відновлена в 1886 році. Існує також укріплення Залізної доби, розкопки якого в 1997 році розпочала вірмено-італійська команда.