TOP1

TOP1
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1A31, 1A35, 1A36, 1EJ9, 1K4S, 1K4T, 1LPQ, 1NH3, 1R49, 1RR8, 1RRJ, 1SC7, 1SEU, 1T8I, 1TL8
Ідентифікатори
Символи	TOP1, TOPI, topoisomerase (DNA) I, DNA topoisomerase I
Зовнішні ІД	OMIM: 126420 MGI: 98788 HomoloGene: 2467 GeneCards: TOP1
Реагує на сполуку
	7-ethyl-10-hydroxycamptothecin, ar-67, edotecarin
Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity; • chromatin binding; • isomerase activity; • DNA topoisomerase activity; • core promoter sequence-specific DNA binding; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • RNA binding; • DNA binding; • double-stranded DNA binding; • single-stranded DNA binding; • protein serine/threonine kinase activity; • ATP binding; • protein domain specific binding; • supercoiled DNA binding; • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • перикаріон; • P-body; • replication fork protection complex; • хромосома; • nuclear chromosome; • клітинне ядро; • fibrillar center; • нуклеоплазма; • ядерце; • DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex; • protein-DNA complex;
Біологічний процес	• ремоделювання хроматину; • embryonic cleavage; • GO:0010703, GO:0010702 запрограмована клітинна смерть; • фосфорилювання; • ритмічний процес; • chromosome segregation; • protein sumoylation; • circadian regulation of gene expression; • реплікація ДНК; • циркадний ритм; • GO:0022415 viral process; • DNA topological change; • GO:0035404 peptidyl-serine phosphorylation;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
	7150
	21969
	ENSG00000198900
	ENSMUSG00000070544
	P11387
	Q04750
	NM_003286
	NM_009408
	NP_003277
	NP_033434
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

TOP1 (англ. Topoisomerase (DNA) I) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 20-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 765 амінокислот, а молекулярна маса — 90 726^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSGDHLHNDS	QIEADFRLND	SHKHKDKHKD	REHRHKEHKK	EKDREKSKHS
NSEHKDSEKK	HKEKEKTKHK	DGSSEKHKDK	HKDRDKEKRK	EEKVRASGDA
KIKKEKENGF	SSPPQIKDEP	EDDGYFVPPK	EDIKPLKRPR	DEDDADYKPK
KIKTEDTKKE	KKRKLEEEED	GKLKKPKNKD	KDKKVPEPDN	KKKKPKKEEE
QKWKWWEEER	YPEGIKWKFL	EHKGPVFAPP	YEPLPENVKF	YYDGKVMKLS
PKAEEVATFF	AKMLDHEYTT	KEIFRKNFFK	DWRKEMTNEE	KNIITNLSKC
DFTQMSQYFK	AQTEARKQMS	KEEKLKIKEE	NEKLLKEYGF	CIMDNHKERI
ANFKIEPPGL	FRGRGNHPKM	GMLKRRIMPE	DIIINCSKDA	KVPSPPPGHK
WKEVRHDNKV	TWLVSWTENI	QGSIKYIMLN	PSSRIKGEKD	WQKYETARRL
KKCVDKIRNQ	YREDWKSKEM	KVRQRAVALY	FIDKLALRAG	NEKEEGETAD
TVGCCSLRVE	HINLHPELDG	QEYVVEFDFL	GKDSIRYYNK	VPVEKRVFKN
LQLFMENKQP	EDDLFDRLNT	GILNKHLQDL	MEGLTAKVFR	TYNASITLQQ
QLKELTAPDE	NIPAKILSYN	RANRAVAILC	NHQRAPPKTF	EKSMMNLQTK
IDAKKEQLAD	ARRDLKSAKA	DAKVMKDAKT	KKVVESKKKA	VQRLEEQLMK
LEVQATDREE	NKQIALGTSK	LNYLDPRITV	AWCKKWGVPI	EKIYNKTQRE
KFAWAIDMAD	EDYEF

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до ізомераз, топоізомераз. Задіяний у таких біологічних процесах як взаємодія хазяїн-вірус, біологічні ритми. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

Kunze N., Klein M., Richter A., Knippers R. (1990). Structural characterisation of the human DNA topoisomerase I gene promoter. Eur. J. Biochem. 194: 323—330. PMID 2176592 DOI:10.1111/j.1432-1033.1990.tb15620.x
Oddou P., Schmidt U., Knippers R., Richter A. (1988). Monoclonal antibodies neutralizing mammalian DNA topoisomerase I activity. Eur. J. Biochem. 177: 523—529. PMID 2461859 DOI:10.1111/j.1432-1033.1988.tb14404.x
Maul G.G., Jimenez S.A., Riggs E., Ziemnicka-Kotula D. (1989). Determination of an epitope of the diffuse systemic sclerosis marker antigen DNA topoisomerase I: sequence similarity with retroviral p30gag protein suggests a possible cause for autoimmunity in systemic sclerosis. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86: 8492—8496. PMID 2479024 DOI:10.1073/pnas.86.21.8492
Khopde S., Simmons D.T. (2008). Simian virus 40 DNA replication is dependent on an interaction between topoisomerase I and the C-terminal end of T antigen. J. Virol. 82: 1136—1145. PMID 18003733 DOI:10.1128/JVI.01314-07
Onishi Y., Kawano Y. (2012). Rhythmic binding of Topoisomerase I impacts on the transcription of Bmal1 and circadian period. Nucleic Acids Res. 40: 9482—9492. PMID 22904072 DOI:10.1093/nar/gks779
Bandyopadhyay K., Li P., Gjerset R.A. (2012). CK2-mediated hyperphosphorylation of topoisomerase I targets serine 506, enhances topoisomerase I-DNA Binding, and increases cellular camptothecin sensitivity. PLoS ONE. 7: E50427—E50427. PMID 23185622 DOI:10.1371/journal.pone.0050427