RTCB

RTCB
Ідентифікатори
Символи	RTCB, C22orf28, DJ149A16.6, FAAP, HSPC117, RNA 2',3'-cyclic phosphate and 5'-OH ligase
Зовнішні ІД	OMIM: 613901 MGI: 106379 HomoloGene: 36344 GeneCards: RTCB
Онтологія гена Молекулярна функція • vinculin binding • nucleotide binding • RNA ligase (ATP) activity • ligase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • ATP binding • RNA ligase activity • зв'язування з іоном металу • RNA binding Клітинна компонента • цитоплазма • tRNA-splicing ligase complex • nuclear envelope • endoplasmic reticulum membrane • клітинне ядро • нуклеоплазма • гіалоплазма • внутрішньоклітинна мембранна органела Біологічний процес • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation • tRNA processing • tRNA exon ligation utilizing 2',3' cyclic phosphate of 5'-exon as source of linkage phosphate • in utero embryonic development • placenta development Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	51493	28088
Ensembl	ENSG00000100220	ENSMUSG00000001783
UniProt	Q9Y3I0	Q99LF4
RefSeq (мРНК)	NM_014306	NM_145422
RefSeq (білок)	NP_055121	NP_663397
Локус (UCSC)	Хр. 22: 32.39 – 32.41 Mb	Хр. 10: 85.77 – 85.79 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

RTCB (англ. RNA 2',3'-cyclic phosphate and 5'-OH ligase) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 22-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 505 амінокислот, а молекулярна маса — 55 210.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSRSYNDELQ		FLEKINKNCW		RIKKGFVPNM		QVEGVFYVND		ALEKLMFEEL
RNACRGGGVG		GFLPAMKQIG		NVAALPGIVH		RSIGLPDVHS		GYGFAIGNMA
AFDMNDPEAV		VSPGGVGFDI		NCGVRLLRTN		LDESDVQPVK		EQLAQAMFDH
IPVGVGSKGV		IPMNAKDLEE		ALEMGVDWSL		REGYAWAEDK		EHCEEYGRML
QADPNKVSAR		AKKRGLPQLG		TLGAGNHYAE		IQVVDEIFNE		YAAKKMGIDH
KGQVCVMIHS		GSRGLGHQVA		TDALVAMEKA		MKRDKIIVND		RQLACARIAS
PEGQDYLKGM		AAAGNYAWVN		RSSMTFLTRQ		AFAKVFNTTP		DDLDLHVIYD
VSHNIAKVEQ		HVVDGKERTL		LVHRKGSTRA		FPPHHPLIAV		DYQLTGQPVL
IGGTMGTCSY		VLTGTEQGMT		ETFGTTCHGA		GRALSRAKSR		RNLDFQDVLD
KLADMGIAIR		VASPKLVMEE		APESYKNVTD		VVNTCHDAGI		SKKAIKLRPI
AVIKG

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до лігаз. Задіяний у такому біологічному процесі як процесинг тРНК. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, іонами металів, іоном марганцю. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Kanai Y., Dohmae N., Hirokawa N. (2004). Kinesin transports RNA: isolation and characterization of an RNA-transporting granule. Neuron. 43: 513—525. PMID 15312650 DOI:10.1016/j.neuron.2004.07.022
• Popow J., Jurkin J., Schleiffer A., Martinez J. (2014). Analysis of orthologous groups reveals archease and DDX1 as tRNA splicing factors. Nature. 511: 104—107. PMID 24870230 DOI:10.1038/nature13284

Див. також

• Хромосома 22