SFPQ

SFPQ
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 4WII, 4WIJ, 4WIK
Ідентифікатори
Символи	SFPQ, POMP100, PPP1R140, PSF, splicing factor proline and glutamine rich
Зовнішні ІД	OMIM: 605199 MGI: 1918764 HomoloGene: 3714 GeneCards: SFPQ
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • histone deacetylase binding • chromatin binding • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • DNA binding • protein homodimerization activity • RNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • E-box binding Клітинна компонента • цитоплазма • paraspeckles • nuclear matrix • RNA polymerase II transcription regulator complex • Хроматин • клітинне ядро • нуклеоплазма • GO:0005578 Позаклітинна матриця • nuclear speck • dendrite cytoplasm Біологічний процес • histone H3 deacetylation • DNA recombination • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • ритмічний процес • negative regulation of circadian rhythm • mRNA processing • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:0051312, GO:0007083 chromosome organization • transcription, DNA-templated • cellular response to DNA damage stimulus • regulation of cell cycle • regulation of circadian rhythm • double-strand break repair via homologous recombination • Сплайсинг РНК • positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway • positive regulation of sister chromatid cohesion • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • Альтернативний сплайсинг • GO:0100026 Репарація ДНК • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • activation of innate immune response • процес імунної системи • вроджений імунітет • dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	6421	71514
Ensembl	ENSG00000116560	ENSMUSG00000028820
UniProt	P23246	Q8VIJ6
RefSeq (мРНК)	NM_005066	NM_023603
RefSeq (білок)	NP_005057	NP_076092
Локус (UCSC)	Хр. 1: 35.18 – 35.19 Mb	Хр. 4: 127.02 – 127.04 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SFPQ (англ. Splicing factor proline and glutamine rich) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 707 амінокислот, а молекулярна маса — 76 149.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSRDRFRSRG		GGGGGFHRRG		GGGGRGGLHD		FRSPPPGMGL		NQNRGPMGPG
PGQSGPKPPI		PPPPPHQQQQ		QPPPQQPPPQ		QPPPHQPPPH		PQPHQQQQPP
PPPQDSSKPV		VAQGPGPAPG		VGSAPPASSS		APPATPPTSG		APPGSGPGPT
PTPPPAVTSA		PPGAPPPTPP		SSGVPTTPPQ		AGGPPPPPAA		VPGPGPGPKQ
GPGPGGPKGG		KMPGGPKPGG		GPGLSTPGGH		PKPPHRGGGE		PRGGRQHHPP
YHQQHHQGPP		PGGPGGRSEE		KISDSEGFKA		NLSLLRRPGE		KTYTQRCRLF
VGNLPADITE		DEFKRLFAKY		GEPGEVFINK		GKGFGFIKLE		SRALAEIAKA
ELDDTPMRGR		QLRVRFATHA		AALSVRNLSP		YVSNELLEEA		FSQFGPIERA
VVIVDDRGRS		TGKGIVEFAS		KPAARKAFER		CSEGVFLLTT		TPRPVIVEPL
EQLDDEDGLP		EKLAQKNPMY		QKERETPPRF		AQHGTFEYEY		SQRWKSLDEM
EKQQREQVEK		NMKDAKDKLE		SEMEDAYHEH		QANLLRQDLM		RRQEELRRME
ELHNQEMQKR		KEMQLRQEEE		RRRREEEMMI		RQREMEEQMR		RQREESYSRM
GYMDPRERDM		RMGGGGAMNM		GDPYGSGGQK		FPPLGGGGGI		GYEANPGVPP
ATMSGSMMGS		DMRTERFGQG		GAGPVGGQGP		RGMGPGTPAG		YGRGREEYEG
PNKKPRF

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, активаторів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції, пошкодження ДНК, репарація ДНК, біологічні ритми, рекомбінація ДНК. Білок має сайт для зв'язування з ДНК, РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Patton J.G., Porro E.B., Galceran J., Tempst P., Nadal-Ginard B. (1993). Cloning and characterization of PSF, a novel pre-mRNA splicing factor. Genes Dev. 7: 393—406. PMID 8449401 DOI:10.1101/gad.7.3.393
• Zhang W.-W., Zhang L.-X., Busch R.K., Farres J., Busch H. (1993). Purification and characterization of a DNA-binding heterodimer of 52 and 100 kDa from HeLa cells. Biochem. J. 290: 267—272. PMID 8439294 DOI:10.1042/bj2900267
• Lutz C.S., Cooke C., O'Connor J.P., Kobayashi R., Alwine J.C. (1998). The snRNP-free U1A (SF-A) complex(es): identification of the largest subunit as PSF, the polypyrimidine-tract binding protein-associated splicing factor. RNA. 4: 1493—1499. PMID 9848648 DOI:10.1017/S1355838298981183
• Straub T., Knudsen B.R., Boege F. (2000). PSF/p54(nrb) stimulates 'jumping' of DNA topoisomerase I between separate DNA helices. Biochemistry. 39: 7552—7558. PMID 10858305 DOI:10.1021/bi992898e
• Urban R.J., Bodenburg Y., Kurosky A., Wood T.G., Gasic S. (2000). Polypyrimidine tract-binding protein-associated splicing factor is a negative regulator of transcriptional activity of the porcine p450scc insulin-like growth factor response element. Mol. Endocrinol. 14: 774—782. PMID 10847580 DOI:10.1210/mend.14.6.0485
• Akhmedov A.T., Lopez B.S. (2000). Human 100-kDa homologous DNA-pairing protein is the splicing factor PSF and promotes DNA strand invasion. Nucleic Acids Res. 28: 3022—3030. PMID 10931916 DOI:10.1093/nar/28.16.3022

Див. також

• Хромосома 1