Засноване у 1474 році під назвою Соль-на-Городці. Після того, як Казанськийхан зрівняв його із землею в 1536 році, була споруджена дерев'яна фортеця для захисту від татарських набігів.
У Середньовіччі місто було центром соляної промисловості. Балахна — батьківщина Кузьми Мініна, організатора Нижньогородського ополчення 1611—1612 років.
У XVIII—XIX століттях місто було важливим центром суднобудування. У 1925 році була відкрита Нижньогородська ДРЕС, яка працює на торфі, у 1928 році дали першу продукцію целюлозно-паперовий комбінат і картонна фабрика.