SYMPK

SYMPK
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 3O2Q, 3O2S, 3O2T, 3ODR, 3ODS, 4H3H, 4H3K
Ідентифікатори
Символи	SYMPK, SPK, SYM, symplekin, Pta1, symplekin scaffold protein
Зовнішні ІД	OMIM: 602388 MGI: 1915438 HomoloGene: 37969 GeneCards: SYMPK
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding Клітинна компонента • цитоплазма • міжклітинні контакти • клітинна мембрана • цитоскелет • мембрана • клітинне ядро • bicellular tight junction • нуклеоплазма • гіалоплазма • nuclear stress granule Біологічний процес • mRNA polyadenylation • mRNA processing • адгезія клітин • positive regulation of protein dephosphorylation • mRNA splicing, via spliceosome • termination of RNA polymerase II transcription • mRNA export from nucleus • mRNA 3'-end processing • negative regulation of protein binding Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	8189	68188
Ensembl	ENSG00000125755	ENSMUSG00000023118
UniProt	Q92797	Q80X82
RefSeq (мРНК)	NM_004819	NM_026605 NM_001360713
RefSeq (білок)	NP_004810	NP_001347642 NP_080881
Локус (UCSC)	Хр. 19: 45.82 – 45.86 Mb	Хр. 7: 18.76 – 18.79 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SYMPK (англ. Symplekin) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 274 амінокислот, а молекулярна маса — 141 148.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MASGSGDSVT		RRSVASQFFT		QEEGPGIDGM		TTSERVVDLL		NQAALITNDS
KITVLKQVQE		LIINKDPTLL		DNFLDEIIAF		QADKSIEVRK		FVIGFIEEAC
KRDIELLLKL		IANLNMLLRD		ENVNVVKKAI		LTMTQLYKVA		LQWMVKSRVI
SELQEACWDM		VSAMAGDIIL		LLDSDNDGIR		THAIKFVEGL		IVTLSPRMAD
SEIPRRQEHD		ISLDRIPRDH		PYIQYNVLWE		EGKAALEQLL		KFMVHPAISS
INLTTALGSL		ANIARQRPMF		MSEVIQAYET		LHANLPPTLA		KSQVSSVRKN
LKLHLLSVLK		HPASLEFQAQ		ITTLLVDLGT		PQAEIARNMP		SSKDTRKRPR
DDSDSTLKKM		KLEPNLGEDD		EDKDLEPGPS		GTSKASAQIS		GQSDTDITAE
FLQPLLTPDN		VANLVLISMV		YLPEAMPASF		QAIYTPVESA		GTEAQIKHLA
RLMATQMTAA		GLGPGVEQTK		QCKEEPKEEK		VVKTESVLIK		RRLSAQGQAI
SVVGSLSSMS		PLEEEAPQAK		RRPEPIIPVT		QPRLAGAGGR		KKIFRLSDVL
KPLTDAQVEA		MKLGAVKRIL		RAEKAVACSG		AAQVRIKILA		SLVTQFNSGL
KAEVLSFILE		DVRARLDLAF		AWLYQEYNAY		LAAGASGSLD		KYEDCLIRLL
SGLQEKPDQK		DGIFTKVVLE		APLITESALE		VVRKYCEDES		RTYLGMSTLR
DLIFKRPSRQ		FQYLHVLLDL		SSHEKDKVRS		QALLFIKRMY		EKEQLREYVE
KFALNYLQLL		VHPNPPSVLF		GADKDTEVAA		PWTEETVKQC		LYLYLALLPQ
NHKLIHELAA		VYTEAIADIK		RTVLRVIEQP		IRGMGMNSPE		LLLLVENCPK
GAETLVTRCL		HSLTDKVPPS		PELVKRVRDL		YHKRLPDVRF		LIPVLNGLEK
KEVIQALPKL		IKLNPIVVKE		VFNRLLGTQH		GEGNSALSPL		NPGELLIALH
NIDSVKCDMK		SIIKATNLCF		AERNVYTSEV		LAVVMQQLME		QSPLPMLLMR
TVIQSLTMYP		RLGGFVMNIL		SRLIMKQVWK		YPKVWEGFIK		CCQRTKPQSF
QVILQLPPQQ		LGAVFDKCPE		LREPLLAHVR		SFTPHQQAHI		PNSIMTILEA
SGKQEPEAKE		APAGPLEEDD		LEPLTLAPAP		APRPPQDLIG		LRLAQEKALK
RQLEEEQKLK		PGGVGAPSSS		SPSPSPSARP		GPPPSEEAMD		FREEGPECET
PGIFISMDDD		SGLTEAALLD		SSLEGPLPKE		TAAGGLTLKE		ERSPQTLAPV
GEDAMKTPSP		AAEDAREPEA		KGNS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як клітинна адгезія, процесинг мРНК, альтернативний сплайсинг. Локалізований у клітинній мембрані, цитоплазмі, цитоскелеті, ядрі, мембрані, клітинних контактах, щільних контактах.

Література

• Alwazzan M., Hamshere M.G., Lennon G.G., Brook J.D. (1998). Six transcripts map within 200 kilobases of the myotonic dystrophy expanded repeat. Mamm. Genome. 9: 485—487. PMID 9585442 DOI:10.1007/s003359900804
• Ueki K., Ramaswamy S., Billings S.J., Mohrenweiser H.W., Louis D.N. (1997). Chromosomal localization to 19q13.3, partial genomic structure and 5' cDNA sequence of the human symplekin gene. Somat. Cell Mol. Genet. 23: 229—231. PMID 9330635 DOI:10.1007/BF02721375
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Keon B.H., Schaefer S., Kuhn C., Grund C., Franke W.W. (1996). Symplekin, a novel type of tight junction plaque protein. J. Cell Biol. 134: 1003—1018. PMID 8769423 DOI:10.1083/jcb.134.4.1003
• Takagaki Y., Manley J.L. (2000). Complex protein interactions within the human polyadenylation machinery identify a novel component. Mol. Cell. Biol. 20: 1515—1525. PMID 10669729 DOI:10.1128/MCB.20.5.1515-1525.2000
• Hofmann I., Schnoelzer M., Kaufmann I., Franke W.W. (2002). Symplekin, a constitutive protein of karyo- and cytoplasmic particles involved in mRNA biogenesis in Xenopus laevis oocytes. Mol. Biol. Cell. 13: 1665—1676. PMID 12006661 DOI:10.1091/mbc.01-12-0567

Див. також

• Хромосома 19