JMJD6

JMJD6
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 3K2O, 3LD8, 3LDB
Ідентифікатори
Символи	JMJD6, PSR, PTDSR, PTDSR1, arginine demethylase and lysine hydroxylase, jumonji domain containing 6, arginine demethylase and lysine hydroxylase
Зовнішні ІД	OMIM: 604914 MGI: 1858910 HomoloGene: 9046 GeneCards: JMJD6
Онтологія гена Молекулярна функція • iron ion binding • protein homodimerization activity • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • histone H3-methyl-arginine-2 demethylase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • histone H3-methyl-arginine-3 demethylase activity • single-stranded RNA binding • RNA binding • identical protein binding • oxidoreductase activity • peptidyl-lysine 5-dioxygenase activity • histone demethylase activity • signaling receptor activity • GO:0001105 transcription coactivator activity • demethylase activity • oxidative RNA demethylase activity • P-TEFb complex binding Клітинна компонента • гіалоплазма • клітинна мембрана • нуклеоплазма • ядерце • клітинне ядро • Рибонуклеопротеїни • цитоплазма Біологічний процес • recognition of apoptotic cell • диференціація клітин • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • T cell differentiation in thymus • розвиток нирки • lung development • histone H3-R2 demethylation • mRNA processing • sprouting angiogenesis • regulation of mRNA splicing, via spliceosome • transcription, DNA-templated • histone H4-R3 demethylation • multicellular organism development • apoptotic cell clearance • heart development • cell surface receptor signaling pathway • blood vessel development • retina development in camera-type eye • Сплайсинг РНК • macrophage activation • peptidyl-lysine hydroxylation to 5-hydroxy-L-lysine • erythrocyte development • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • protein demethylation • oxidative RNA demethylation • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • protein homooligomerization Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	23210	107817
Ensembl	ENSG00000070495	ENSMUSG00000056962
UniProt	Q6NYC1	Q9ERI5
RefSeq (мРНК)	NM_001081461 NM_015167	NM_033398 NM_001363363
RefSeq (білок)	NP_001074930 NP_055982	NP_203971 NP_001350292
Локус (UCSC)	Хр. 17: 76.71 – 76.73 Mb	Хр. 11: 116.73 – 116.73 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

JMJD6 (англ. Arginine demethylase and lysine hydroxylase) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 403 амінокислот, а молекулярна маса — 46 462.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MNHKSKKRIR		EAKRSARPEL		KDSLDWTRHN		YYESFSLSPA		AVADNVERAD
ALQLSVEEFV		ERYERPYKPV		VLLNAQEGWS		AQEKWTLERL		KRKYRNQKFK
CGEDNDGYSV		KMKMKYYIEY		MESTRDDSPL		YIFDSSYGEH		PKRRKLLEDY
KVPKFFTDDL		FQYAGEKRRP		PYRWFVMGPP		RSGTGIHIDP		LGTSAWNALV
QGHKRWCLFP		TSTPRELIKV		TRDEGGNQQD		EAITWFNVIY		PRTQLPTWPP
EFKPLEILQK		PGETVFVPGG		WWHVVLNLDT		TIAITQNFAS		STNFPVVWHK
TVRGRPKLSR		KWYRILKQEH		PELAVLADSV		DLQESTGIAS		DSSSDSSSSS
SSSSSDSDSE		CESGSEGDGT		VHRRKKRRTC		SMVGNGDTTS		QDDCVSKERS
SSR

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, регуляторів хроматину, білків розвитку, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції, диференціація клітин, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном заліза, РНК. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Cui P., Qin B., Liu N., Pan G., Pei D. (2004). Nuclear localization of the phosphatidylserine receptor protein via multiple nuclear localization signals. Exp. Cell Res. 293: 154—163. PMID 14729065 DOI:10.1016/j.yexcr.2003.09.023
• Chang B., Chen Y., Zhao Y., Bruick R.K. (2007). JMJD6 is a histone arginine demethylase. Science. 318: 444—447. PMID 17947579 DOI:10.1126/science.1145801

Див. також

• Хромосома 17