SMARCA5

SMARCA5
Ідентифікатори
Символи	SMARCA5, ISWI, SNF2H, WCRF135, hISWI, hSNF2H, SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 5
Зовнішні ІД	OMIM: 603375 MGI: 1935129 HomoloGene: 55764 GeneCards: SMARCA5
Онтологія гена Молекулярна функція • nucleotide binding • GO:0008026 helicase activity • GO:0031493 histone binding • GO:0102490, GO:0102491, GO:0102489, GO:0102488, GO:0102487, GO:0102486, GO:0102485 hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • nucleosome binding • hydrolase activity • DNA binding • ATP binding • ATPase activity • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • ATP-dependent activity, acting on DNA Клітинна компонента • RSF complex • nuclear replication fork • нуклеоплазма • condensed chromosome • клітинне ядро • fibrillar center • NURF complex • chromatin silencing complex • ISWI-type complex Біологічний процес • epigenetic maintenance of chromatin in transcription-competent conformation • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:0061641 CENP-A containing chromatin assembly • DNA-templated transcription, initiation • nucleosome assembly • ремоделювання хроматину • rDNA heterochromatin assembly • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • cellular response to leukemia inhibitory factor • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	8467	93762
Ensembl	ENSG00000153147	ENSMUSG00000031715
UniProt	O60264	Q91ZW3
RefSeq (мРНК)	NM_003601	NM_053124
RefSeq (білок)	NP_003592	NP_444354
Локус (UCSC)	Хр. 4: 143.51 – 143.56 Mb	Хр. 8: 81.43 – 81.47 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SMARCA5 (англ. SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 5) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 4-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 052 амінокислот, а молекулярна маса — 121 905.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSSAAEPPPP		PPPESAPSKP		AASIASGGSN		SSNKGGPEGV		AAQAVASAAS
AGPADAEMEE		IFDDASPGKQ		KEIQEPDPTY		EEKMQTDRAN		RFEYLLKQTE
LFAHFIQPAA		QKTPTSPLKM		KPGRPRIKKD		EKQNLLSVGD		YRHRRTEQEE
DEELLTESSK		ATNVCTRFED		SPSYVKWGKL		RDYQVRGLNW		LISLYENGIN
GILADEMGLG		KTLQTISLLG		YMKHYRNIPG		PHMVLVPKST		LHNWMSEFKR
WVPTLRSVCL		IGDKEQRAAF		VRDVLLPGEW		DVCVTSYEML		IKEKSVFKKF
NWRYLVIDEA		HRIKNEKSKL		SEIVREFKTT		NRLLLTGTPL		QNNLHELWSL
LNFLLPDVFN		SADDFDSWFD		TNNCLGDQKL		VERLHMVLRP		FLLRRIKADV
EKSLPPKKEV		KIYVGLSKMQ		REWYTRILMK		DIDILNSAGK		MDKMRLLNIL
MQLRKCCNHP		YLFDGAEPGP		PYTTDMHLVT		NSGKMVVLDK		LLPKLKEQGS
RVLIFSQMTR		VLDILEDYCM		WRNYEYCRLD		GQTPHDERQD		SINAYNEPNS
TKFVFMLSTR		AGGLGINLAT		ADVVILYDSD		WNPQVDLQAM		DRAHRIGQTK
TVRVFRFITD		NTVEERIVER		AEMKLRLDSI		VIQQGRLVDQ		NLNKIGKDEM
LQMIRHGATH		VFASKESEIT		DEDIDGILER		GAKKTAEMNE		KLSKMGESSL
RNFTMDTESS		VYNFEGEDYR		EKQKIAFTEW		IEPPKRERKA		NYAVDAYFRE
ALRVSEPKAP		KAPRPPKQPN		VQDFQFFPPR		LFELLEKEIL		FYRKTIGYKV
PRNPELPNAA		QAQKEEQLKI		DEAESLNDEE		LEEKEKLLTQ		GFTNWNKRDF
NQFIKANEKW		GRDDIENIAR		EVEGKTPEEV		IEYSAVFWER		CNELQDIEKI
MAQIERGEAR		IQRRISIKKA		LDTKIGRYKA		PFHQLRISYG		TNKGKNYTEE
EDRFLICMLH		KLGFDKENVY		DELRQCIRNS		PQFRFDWFLK		SRTAMELQRR
CNTLITLIER		ENMELEEKEK		AEKKKRGPKP		STQKRKMDGA		PDGRGRKKKL
KL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі як ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Aalfs J.D., Narlikar G.J., Kingston R.E. (2001). Functional differences between the human ATP-dependent nucleosome remodeling proteins BRG1 and SNF2H. J. Biol. Chem. 276: 34270—34278. PMID 11435432 DOI:10.1074/jbc.M104163200
• Bozhenok L., Wade P.A., Varga-Weisz P. (2002). WSTF-ISWI chromatin remodeling complex targets heterochromatic replication foci. EMBO J. 21: 2231—2241. PMID 11980720 DOI:10.1093/emboj/21.9.2231
• Dirscherl S.S., Krebs J.E. (2004). Functional diversity of ISWI complexes. Biochem. Cell Biol. 82: 482—489. PMID 15284901 DOI:10.1139/o04-044
• Cavellan E., Asp P., Percipalle P., Oestlund Farrants A.-K. (2006). The WSTF-SNF2h chromatin remodeling complex interacts with several nuclear proteins in transcription. J. Biol. Chem. 281: 16264—16271. PMID 16603771 DOI:10.1074/jbc.M600233200

Див. також

• Хромосома 4