SNRPD2

SNRPD2
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1B34, 3CW1, 3PGW, 3S6N, 4F7U, 4PJO, 4V98, 4WZJ, 3JCR
Ідентифікатори
Символи	SNRPD2, SMD2, SNRPD1, Sm-D2, Small nuclear ribonucleoprotein D2, small nuclear ribonucleoprotein D2 polypeptide
Зовнішні ІД	OMIM: 601061 MGI: 98345 HomoloGene: 3381 GeneCards: SNRPD2
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding • U1 snRNP binding Клітинна компонента • цитоплазма • SMN-Sm protein complex • гіалоплазма • catalytic step 2 spliceosome • U4/U6 x U5 tri-snRNP complex • U5 snRNP • U12-type spliceosomal complex • U2 snRNP • нуклеоплазма • methylosome • precatalytic spliceosome • small nuclear ribonucleoprotein complex • pICln-Sm protein complex • spliceosomal complex • U4 snRNP • екзосома • клітинне ядро • U1 snRNP • U2-type precatalytic spliceosome • U2-type catalytic step 2 spliceosome Біологічний процес • mRNA splicing, via spliceosome • mRNA processing • spliceosomal snRNP assembly • spliceosomal complex assembly • Сплайсинг РНК • import into nucleus Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	6633	107686
Ensembl	ENSG00000125743	ENSMUSG00000040824
UniProt	P62316	P62317
RefSeq (мРНК)	NM_004597 NM_177542 NM_001369751 NM_001369752 NM_001384647	NM_026943
RefSeq (білок)	NP_004588 NP_808210 NP_001356680 NP_001356681	NP_081219
Локус (UCSC)	Хр. 19: 45.69 – 45.69 Mb	Хр. 7: 18.88 – 18.89 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SNRPD2 (англ. Small nuclear ribonucleoprotein D2 polypeptide) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 118 амінокислот, а молекулярна маса — 13 527.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSLLNKPKSE		MTPEELQKRE		EEEFNTGPLS		VLTQSVKNNT		QVLINCRNNK
KLLGRVKAFD		RHCNMVLENV		KEMWTEVPKS		GKGKKKSKPV		NKDRYISKMF
LRGDSVIVVL		RNPLIAGK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до рибонуклеопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Lehmeier T., Raker V., Hermann H., Luehrmann R. (1994). cDNA cloning of the Sm proteins D2 and D3 from human small nuclear ribonucleoproteins: evidence for a direct D1-D2 interaction. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91: 12317—12321. PMID 7527560 DOI:10.1073/pnas.91.25.12317
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
• Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033
• Pomeranz Krummel D.A., Oubridge C., Leung A.K., Li J., Nagai K. (2009). Crystal structure of human spliceosomal U1 snRNP at 5.5 A resolution. Nature. 458: 475—480. PMID 19325628 DOI:10.1038/nature07851
• Leung A.K., Nagai K., Li J. (2011). Structure of the spliceosomal U4 snRNP core domain and its implication for snRNP biogenesis. Nature. 473: 536—539. PMID 21516107 DOI:10.1038/nature09956

Див. також

• Хромосома 19