SNRPD3

SNRPD3
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1D3B, 3CW1, 3PGW, 3VRI, 4PJO, 4WZJ, 3JCR
Ідентифікатори
Символи	SNRPD3, SMD3, Sm-D3, small nuclear ribonucleoprotein D3 polypeptide
Зовнішні ІД	OMIM: 601062 MGI: 1914582 HomoloGene: 3078 GeneCards: SNRPD3
Онтологія гена Молекулярна функція • histone pre-mRNA DCP binding • U2 snRNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • enzyme binding • U7 snRNA binding • telomerase RNA binding • U1 snRNP binding • RNA binding Клітинна компонента • SMN-Sm protein complex • гіалоплазма • prespliceosome • catalytic step 2 spliceosome • spliceosomal tri-snRNP complex • U5 snRNP • U12-type spliceosomal complex • U2 snRNP • нуклеоплазма • methylosome • U7 snRNP • precatalytic spliceosome • small nuclear ribonucleoprotein complex • pICln-Sm protein complex • telomerase holoenzyme complex • spliceosomal complex • commitment complex • U4 snRNP • екзосома • клітинне ядро • U1 snRNP • цитоплазма • ядерні тільця • U4/U6 x U5 tri-snRNP complex • U2-type precatalytic spliceosome • U2-type catalytic step 2 spliceosome Біологічний процес • mRNA splicing, via spliceosome • termination of RNA polymerase II transcription • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • mRNA processing • spliceosomal complex assembly • Сплайсинг РНК • histone mRNA metabolic process • Метилювання білків • import into nucleus • spliceosomal snRNP assembly Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	6634	67332
Ensembl	ENSG00000100028	ENSMUSG00000020180
UniProt	P62318	P62320
RefSeq (мРНК)	NM_001278656 NM_004175	NM_026095
RefSeq (білок)	NP_001265585 NP_004166	NP_080371
Локус (UCSC)	Хр. 22: 24.56 – 24.58 Mb	Хр. 10: 75.35 – 75.37 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SNRPD3 (англ. Small nuclear ribonucleoprotein D3 polypeptide) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 22-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 126 амінокислот, а молекулярна маса — 13 916.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSIGVPIKVL		HEAEGHIVTC		ETNTGEVYRG		KLIEAEDNMN		CQMSNITVTY
RDGRVAQLEQ		VYIRGSKIRF		LILPDMLKNA		PMLKSMKNKN		QGSGAGRGKA
AILKAQVAAR		GRGRGMGRGN		IFQKRR

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до рибонуклеопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Lehmeier T., Raker V., Hermann H., Luehrmann R. (1994). cDNA cloning of the Sm proteins D2 and D3 from human small nuclear ribonucleoproteins: evidence for a direct D1-D2 interaction. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91: 12317—12321. PMID 7527560 DOI:10.1073/pnas.91.25.12317
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Pillai R.S., Will C.L., Luehrmann R., Schuemperli D., Mueller B. (2001). Purified U7 snRNPs lack the Sm proteins D1 and D2 but contain Lsm10, a new 14 kDa Sm D1-like protein. EMBO J. 20: 5470—5479. PMID 11574479 DOI:10.1093/emboj/20.19.5470
• Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
• Pomeranz Krummel D.A., Oubridge C., Leung A.K., Li J., Nagai K. (2009). Crystal structure of human spliceosomal U1 snRNP at 5.5 A resolution. Nature. 458: 475—480. PMID 19325628 DOI:10.1038/nature07851
• Leung A.K., Nagai K., Li J. (2011). Structure of the spliceosomal U4 snRNP core domain and its implication for snRNP biogenesis. Nature. 473: 536—539. PMID 21516107 DOI:10.1038/nature09956

Див. також

• Хромосома 22