SYNCRIP

SYNCRIP
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2DGU, 2MXT, 2NBB
Ідентифікатори
Символи	SYNCRIP, GRY-RBP, GRYRBP, HNRNPQ, HNRPQ1, NSAP1, PP68, hnRNP-Q, synaptotagmin binding cytoplasmic RNA interacting protein
Зовнішні ІД	OMIM: 616686 MGI: 1891690 HomoloGene: 4648 GeneCards: SYNCRIP
Онтологія гена Молекулярна функція • poly(A) binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • RNA binding • mRNA binding • mRNA 5'-UTR binding Клітинна компонента • CRD-mediated mRNA stability complex • цитоплазма • catalytic step 2 spliceosome • histone pre-mRNA 3'end processing complex • внутрішньоклітинна мембранна органела • нуклеоплазма • ендоплазматичний ретикулум • GAIT complex • spliceosomal complex • клітинне ядро • мембрана • Рибонуклеопротеїни Біологічний процес • CRD-mediated mRNA stabilization • mRNA splicing, via spliceosome • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • negative regulation of translation • mRNA processing • osteoblast differentiation • Сплайсинг РНК • cellular response to interferon-gamma • GO:0022415 viral process • regulation of translation Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	10492	56403
Ensembl	ENSG00000135316	ENSMUSG00000032423
UniProt	O60506	Q7TMK9
RefSeq (мРНК)	NM_001159673 NM_001159674 NM_001159675 NM_001159676 NM_001159677 NM_001253771 NM_006372	NM_001284328 NM_019666 NM_019796 NM_001311113
RefSeq (білок)	NP_001153145 NP_001153146 NP_001153147 NP_001153148 NP_001153149 NP_001240700 NP_006363	NP_001271257 NP_001298042 NP_062640 NP_062770
Локус (UCSC)	Хр. 6: 85.61 – 85.64 Mb	Хр. 9: 88.33 – 88.36 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SYNCRIP (англ. Synaptotagmin binding cytoplasmic RNA interacting protein) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 623 амінокислот, а молекулярна маса — 69 603.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MATEHVNGNG		TEEPMDTTSA		VIHSENFQTL		LDAGLPQKVA		EKLDEIYVAG
LVAHSDLDER		AIEALKEFNE		DGALAVLQQF		KDSDLSHVQN		KSAFLCGVMK
TYRQREKQGT		KVADSSKGPD		EAKIKALLER		TGYTLDVTTG		QRKYGGPPPD
SVYSGQQPSV		GTEIFVGKIP		RDLFEDELVP		LFEKAGPIWD		LRLMMDPLTG
LNRGYAFVTF		CTKEAAQEAV		KLYNNHEIRS		GKHIGVCISV		ANNRLFVGSI
PKSKTKEQIL		EEFSKVTEGL		TDVILYHQPD		DKKKNRGFCF		LEYEDHKTAA
QARRRLMSGK		VKVWGNVGTV		EWADPIEDPD		PEVMAKVKVL		FVRNLANTVT
EEILEKAFSQ		FGKLERVKKL		KDYAFIHFDE		RDGAVKAMEE		MNGKDLEGEN
IEIVFAKPPD		QKRKERKAQR		QAAKNQMYDD		YYYYGPPHMP		PPTRGRGRGG
RGGYGYPPDY		YGYEDYYDYY		GYDYHNYRGG		YEDPYYGYED		FQVGARGRGG
RGARGAAPSR		GRGAAPPRGR		AGYSQRGGPG		SARGVRGARG		GAQQQRGRGV
RGARGGRGGN		VGGKRKADGY		NQPDSKRRQT		NNQNWGSQPI		AQQPLQGGDH
SGNYGYKSEN		QEFYQDTFGQ		QWK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до рибонуклеопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як регуляція трансляції, взаємодія хазяїн-вірус, процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі, ендоплазматичному ретикулумі, мікросомах.

Література

• Mourelatos Z., Abel L., Yong J., Kataoka N., Dreyfuss G. (2001). SMN interacts with a novel family of hnRNP and spliceosomal proteins. EMBO J. 20: 5443—5452. PMID 11574476 DOI:10.1093/emboj/20.19.5443
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Hinsby A.M., Olsen J.V., Bennett K.L., Mann M. (2003). Signaling initiated by overexpression of the fibroblast growth factor receptor-1 investigated by mass spectrometry. Mol. Cell. Proteomics. 2: 29—36. PMID 12601080 DOI:10.1074/mcp.M200075-MCP200
• Lau P.P., Chang B.-H., Chan L. (2001). Two-hybrid cloning identifies an RNA-binding protein, GRY-RBP, as a component of apobec-1 editosome. Biochem. Biophys. Res. Commun. 282: 977—983. PMID 11352648 DOI:10.1006/bbrc.2001.4679
• Carty S.M., Greenleaf A.L. (2002). Hyperphosphorylated C-terminal repeat domain-associating proteins in the nuclear proteome link transcription to DNA/chromatin modification and RNA processing. Mol. Cell. Proteomics. 1: 598—610. PMID 12376575 DOI:10.1074/mcp.M200029-MCP200
• Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088

Див. також

• Хромосома 6