Кримську єпархію було засновано 1996 року. Її становлення відбувалося у важких умовах, насамперед через упереджене ставлення до УПЦ КП представників влади та проросійських організацій. Але незважаючи на тиск, вона розвивалася, відкривалися нові парафії. Цього ж року Патріарх освятив кафедральний собор святих Володимира й Ольги (будівлю передано в оренду єпархії на 50 років, колишній Будинок офіцерів).
Першим керуючим єпархією став єпископ Антоній (Махота). Він отримав титул «Сімферопольський та Кримський».
2006 року на запрошення командувача Військово–Морських Сил України адмірала Ігоря Тенюха Патріарх Філарет благословив початок будівництва військової церкви на честь святого великомученика Климента Римського у місті Севастополі, а також взяв участь у святкових заходах, присвячених річниці заснування Військово–Морських Сил України.
Кількість парафій у єпархії — 40, та, через брак священиків, повноцінно функціонують не більше 15. Місцева влада практично не виділяє землю для будівництва храмів. Загалом єпархія має у розпорядженні 9 приміщень пристосованих для молитв (2 з них — на території Севастополя), 2 приміщення орендуються (на території АРК). З 1992 року було збудовано 3 типові храми (всі в АРК), наразі будуються ще 3 (2 з них на території Севастопольської міськради). В єпархії функціонує 1 монастир, проте йому офіційно землю так і не виділили. Працюють 4 недільні школи (АРК), виходять 2 періодичних видання (по 1 на АРК та Севастополь). Ведуть свою діяльність 3 православні місії та 1 братство.
Проведене 2008 року Центром Разумкова соціологічне дослідження свідчить, що 11 % мешканців півострова є вірянами Української православної церкви Київського патріархату.
У липні 2012 року Сімферопольська міська рада виділила Кримському єпархіальному управлінню землю (0.49 га) під будівництво кафедрального собору Христа Спасителя.