Збережено мало свідоцтв про життєвий шлях художника. Народився у місті Амстердам. Його батько, художник і декоратор Юстус ван Гейсум старший, був його вчителем.
Ян ван Гейсум на початку власної художньої кар'єри зробив декілька фантазійних пейзажів із італійськими мотивами, досить ретельно відтворивши дерева і класичну архітектуру («Аркадський пейзаж з погруддям богині квітів Флори», «Аркадський пейзаж з водоспадом і Св. Петром, що лікує паралічного», обидва до 1725 р., Мауріцхейс, Гаага). Але не вони, а квіткові натюрморти принесли художникові фінансовий усіх і міжнародну славу.
Квіткові натюрморти Яна ван Гейсума — доволі декоративні й створені з попередніх замальовок, створених у різні місяці. Реалістично відтворені квіти не могли бути зібрані у єдині букети, позаяк розквітають у різні місяці. Але це нікого не хвилювало, бо їх сприймали суто декоративно.
Аби точно відтворити квіти, митець відвідував місто Гарлем, котре в його часи було ботанічним центром Голландії.
Художник, що виборов матеріальний успіх, підозріло ставився до художників-конкурентів, до котрих заразовував і власних братів. За переказами, він усамітнювався і майже нікого не допускав у власну майстерню, тримав у таємниці, якими фарбами і технологіями користувався. З міркувань приховування власних технологій, Ян ван Гейсум не брав учнів. Нетривалий час серед небагатьох учениць майстра була жінка-художниця Маргарет Гаверман (1720–1795).
Серед вельможних замовників художника були — принц Вільям Гессенський, прем'єр-міністр Роберт Волпол, регент Франції Філіп, герцог Орлеанський, курфюрсти Саксонії тощо.
Художник був одружений, мав сина і доньку. Донька Марія ван Гейсум була художницею.