У дорослому футболі дебютував 2009 року виступами за команду клубу «Альфорвіль», в якій провів один сезон, взявши участь у 23 матчах чемпіонату. Більшість часу, проведеного у складі «Альфорвіля», був основним гравцем команди. У складі команди був одним з головних бомбардирів, маючи середню результативність на рівні 0,39 голу за гру першості.
До складу клубу «Тулуза» приєднався 2010 року. У складі «Тулузи» чотири сезони поспіль (з 2012/13 по 2015/16) був найкращим бомбардиром клубу та тричі потрапляв до п'ятірки найкращих бомбардирів чемпіонату.
У серпні 2016 року підписав контракт з іспанським клубом «Севілья». У складі «Севільї» двічі доходив до чвертьфіналів єврокубків: у Лізі чемпіонів 2017—2018 та Лізі Європи 2018—2019, в обох випадках потрапляючи до п'ятірки найкращих бомбардирів турніру. У сезоні 2018—2019 увійшов до п'ятірки найкращих бомбардирів іспанського чемпіонату.
14 серпня 2019 повернувся до французького чемпіонату, приєднавшись до «Монако». Вартість трансфера склала 40 мільйонів євро. У монегаскському клубі Бен Єддер склав атакувальний дует з Ісламом Слімані. За підсумками сезону Ліги 1 2019/20 став найкращим бомбардиром чемпіонату спільно з Кіліаном Мбаппе, забивши 18 голів у 26 матчах. Наразі посідає восьме місце в списку найкращих бомбардирів «Монако» за всю історію (73 м'ячі).