Університет був заснований буллою Папи РимськогоПія ІІ12 листопада1459 року, а офіційна церемонія відкриття відбулася 4 квітня 1460 року. Спочатку університет мав чотири традиційні факультети: вільних мистецтв, медицини, права й теології. В 1622 році була заснована університетська бібліотека; сьогодні вона найбільша у Швейцарії. В 1818 році факультет вільних мистецтв був реорганізований. Ще одна реорганізація відбулася в 1937 році. З 1890 року в університеті одержали можливість навчатися жінки.