Університет був заснований буллою римського папи Пія ІІ12 листопада1459 року. Спочатку університет мав чотири традиційні факультети: вільних мистецтв, медицини, права й теології. В 1622 році була заснована університетська бібліотека; сьогодні вона найбільша у Швейцарії. В 1818 році факультет вільних мистецтв був реорганізований. Ще одна реорганізація відбулася в 1937 році. З 1890 року в університеті одержали можливість навчатися жінки.
В університеті ведуться міждисциплінарні дослідження й готуються фахівці в Інституті Європи, Центрах юдаїки, «Людина — Суспільство — Навколишнє середовище», африканських досліджень, культурного менеджменту й гендерних досліджень. Також діють Швейцарський інститут тропіків і суспільного здоров'я і Інститут біомедичних досліджень імені Фрідріха Мішера.
Відомі люди, пов'язані з університетом[ред. • ред. код]
Швейцарія: Базель
Базельський університет на Вікісховищі
Нобелівська премія з медицини та фізіології 1978 року
.svg){kind=small}
