Сюжет гри складається з основних і додаткових (бонусних) місій. Основні є тотожними з грою-попередницею. Події ж гри в додаткових (бонусних) місіях є неканонічними для всесвіту «Зоряних війн». Вони відбуваються між ІІІ і VI епізодами (тобто з 2 р. ДБЯ по 3 р. ПБЯ) та пропонують погляд на те, що могло б бути, якби остання місія гри «Зоряні Війни: Сила Нездоланна» завершилася альтернативно:
Ґален Марек на Зірці смерті вбиває Дарта Вейдера, але гине під кинутим на нього Палпатіном зорельотом «Блукаюча тінь». Згодом Палпатін відновлює тіло Ґалена в броньованих життєпідтримуючих обладунках як свого нового учня — Лорда Старкілера. Завданнями нового темного володаря ситів є відстеження та ліквідація ворогів Імператора Палпатіна — Обі-Вана Кенобі та Люка Скайвокера. Першого він вбиває на Татуїні, а другого обертає на темний бік Сили на Хоті.
