Острів названо ім'ям капітана Джеймса Джонстона, який відкрив атол 10 грудня1807 року. 1858 року на атол було висунуто претензії з боку США, до того часу вважалося, що атол належить Королівству Гаваї. США добули всі поклади гуано до 1890 р. відповідно до Закону про Гуано.
29 липня1926 президент Калвін Кулідж відніс атол до Федерального пташиного заповідника під контролем Міністерства сільського господарства США. З 29 грудня1934 року президент Франклін Рузвельт передав контроль до американських ВМС, що 1936 року розмістили на острові базу морської авіації США, побудували злітну смугу і паливне сховище.
Атол був обстріляний Японією в часи Другої світової війни. Потім він потрапив під радіоактивні опади після випробовувань 1962 р., і з 1971 р. використовується як місце поховання хімічної зброї, що залишилась після Корейської і В'єтнамської воєн.
Інкорпорована територія США, керується Агентством ядерної оборони США.