Клуб створено наприкінці 2012 року компанією ПАТ «Оболонь»[3], яка є його стовідсотковим власником. При цьому офіційним роком заснування прийнято 2013 рік[4]. Свій перший історичний матч «Оболонь-Бровар» провів проти команди білоцерківського «Арсеналу», у якому переміг з рахунком 2:1[5]
Назву «Оболонь» для новоствореного клубу (який став товариством з обмеженою відповідальністю) не вдалося залишити через юридичні причини. При цьому на прохання вболівальників атрибутика клубу є максимально подібною до атрибутики колишнього ФК «Оболонь», з яким ПАТ «Оболонь» на той час вже припинило співпрацю. На емблемі «Оболонь-Бровар» вирішено не зазначати рік заснування[4]. Клубний сайт запущено у березні 2013 р.[6]
Президентом клубу став Олександр Слободян, також з ФК «Оболонь» до клубу перейшли лікарі, адміністратори, масажисти і тренер другої команди Олег Мазуренко. Склад команди сформовано із вихованців ДЮФШ «Зміна-Оболонь», до яких долучено Андрія Корнєва та Валерія Іващенка. Головним тренером команди призначено Сергія Солдатова, який до цього працював з випускним класом ДЮФШ[4][7]. До штабу, окрім Мазуренка, ввійшов також тренер воротарів Валерій Паламарчук[8].
Навесні 2013 року керівництво клубу подало заявку на участь в аматорському чемпіонаті 2013 року[8]. 1 травня 2013 команда розпочала виступи у другій групі турніру під егідою ААФУ, зігравши проти «Авангарда» із Корюківки (0:0).
Не зважаючи на те, що згідно правил УЄФА новостворений клуб має провести 3 сезони в аматорському чемпіонаті[9], згодом було подано документи в атестаційну комісію ФФУ для отримання статусу професіонального. Такий статус клубу було надано 14 червня 2013 р. на засіданні Комітету ФФУ з атестації футбольних клубів[10].
24 липня 2013 р. як дебютант Другої ліги Чемпіонату України команда розпочала боротьбу за Кубок України, здолавши у першому кваліфікаційному раунді ФК «Нове Життя»[2]. В лютому 2014 року «Оболонь-Бровар» здобув перший кубок в своїй історії — «бровари» виграли меморіал Олександра Щанова під егідою КОФФ, а Андрія Корнєва було визнано найкращим гравцем цього турніру. По закінченню сезону 2014—2015, клуб отримав підвищення. У сезоні 2015—2016 команда грала в Першій лізі. І навіть боролася за вихід до еліти, але пробитися не змогла.
Переможець: 2014
Срібний призер: 2014/15
Бронзовий призер: 2015/16
Бронзовий призер: 
Підвищення
Андрій Корнєв (2013—)
