Південний Судан поділяється на 32 штати (англ.state), які до здобуття країною незалежності називалися також вілаєтами (араб.ولاية — wilāyah) або провінціями. Штати, у свою чергу, поділені на округи (англ.county).
Прапор являє собою біле полотнище, у центрі якого розміщено синє коло, на яке накладений білий трикутник. У трикутнику розміщено зображення газелі на фоні сонця, що сходить.
Прапор складається з чотирьох рівнозначних смуг жовтого, чорного, червоного, і жовтого кольорів. У центрі прапору розміщено зелений овал з зображенням гепарда.