SLITRK1

SLITRK1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 4RCA, 4RCW
Ідентифікатори
Символи	SLITRK1, LRRC12, TTM, SLIT and NTRK like family member 1, slitrk1
Зовнішні ІД	OMIM: 609678 MGI: 2679446 HomoloGene: 14174 GeneCards: SLITRK1
Пов'язані генетичні захворювання
трихотіломанія
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding Клітинна компонента • integral component of membrane • мембрана • синапс • extracellular region • міжклітинні контакти • клітинна мембрана • glutamatergic synapse • GABA-ergic synapse • integral component of postsynaptic density membrane Біологічний процес • adult behavior • нейробіологія розвитку • multicellular organism growth • homeostatic process • positive regulation of synapse assembly • synapse assembly • positive regulation of axonogenesis • аксоноґенеза • GO:1904739 regulation of synapse organization • synaptic membrane adhesion • regulation of presynapse assembly Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	114798	76965
Ensembl	ENSG00000178235	ENSMUSG00000075478
UniProt	Q96PX8	Q810C1
RefSeq (мРНК)	NM_052910 NM_001281503	NM_199065
RefSeq (білок)	NP_001268432 NP_443142	NP_951020
Локус (UCSC)	Хр. 13: 83.88 – 83.88 Mb	Хр. 14: 109.15 – 109.15 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SLITRK1 (англ. SLIT and NTRK like family member 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 13-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 696 амінокислот, а молекулярна маса — 77 735.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MLLWILLLET		SLCFAAGNVT		GDVCKEKICS		CNEIEGDLHV		DCEKKGFTSL
QRFTAPTSQF		YHLFLHGNSL		TRLFPNEFAN		FYNAVSLHME		NNGLHEIVPG
AFLGLQLVKR		LHINNNKIKS		FRKQTFLGLD		DLEYLQADFN		LLRDIDPGAF
QDLNKLEVLI		LNDNLISTLP		ANVFQYVPIT		HLDLRGNRLK		TLPYEEVLEQ
IPGIAEILLE		DNPWDCTCDL		LSLKEWLENI		PKNALIGRVV		CEAPTRLQGK
DLNETTEQDL		CPLKNRVDSS		LPAPPAQEET		FAPGPLPTPF		KTNGQEDHAT
PGSAPNGGTK		IPGNWQIKIR		PTAAIATGSS		RNKPLANSLP		CPGGCSCDHI
PGSGLKMNCN		NRNVSSLADL		KPKLSNVQEL		FLRDNKIHSI		RKSHFVDYKN
LILLDLGNNN		IATVENNTFK		NLLDLRWLYM		DSNYLDTLSR		EKFAGLQNLE
YLNVEYNAIQ		LILPGTFNAM		PKLRILILNN		NLLRSLPVDV		FAGVSLSKLS
LHNNYFMYLP		VAGVLDQLTS		IIQIDLHGNP		WECSCTIVPF		KQWAERLGSE
VLMSDLKCET		PVNFFRKDFM		LLSNDEICPQ		LYARISPTLT		SHSKNSTGLA
ETGTHSNSYL		DTSRVSISVL		VPGLLLVFVT		SAFTVVGMLV		FILRNRKRSK
RRDANSSASE		INSLQTVCDS		SYWHNGPYNA		DGAHRVYDCG		SHSLSD

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Локалізований у мембрані, клітинних контактах, синапсах. Також секретований назовні.

Література

• Nagase T., Kikuno R., Ohara O. (2001). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XXI. The complete sequences of 60 new cDNA clones from brain which code for large proteins. DNA Res. 8: 179—187. PMID 11572484 DOI:10.1093/dnares/8.4.179
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Aruga J., Yokota N., Mikoshiba K. (2003). Human SLITRK family genes: genomic organization and expression profiling in normal brain and brain tumor tissue. Gene. 315: 87—94. PMID 14557068 DOI:10.1016/S0378-1119(03)00715-7
• Kajiwara Y., Buxbaum J.D., Grice D.E. (2009). SLITRK1 binds 14-3-3 and regulates neurite outgrowth in a phosphorylation-dependent manner. Biol. Psychiatry. 66: 918—925. PMID 19640509 DOI:10.1016/j.biopsych.2009.05.033
• Beaubien F., Raja R., Kennedy T.E., Fournier A.E., Cloutier J.F. (2016). Slitrk1 is localized to excitatory synapses and promotes their development. Sci. Rep. 6: 27343—27343. PMID 27273464 DOI:10.1038/srep27343

Див. також

• Хромосома 13