CIRBP

CIRBP
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1X5S
Ідентифікатори
Символи	CIRBP, CIRP, cold inducible RNA binding protein
Зовнішні ІД	OMIM: 602649 MGI: 893588 HomoloGene: 980 GeneCards: CIRBP
Онтологія гена Молекулярна функція • translation repressor activity • nucleic acid binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • small ribosomal subunit rRNA binding • mRNA 3'-UTR binding • RNA binding • poly(U) RNA binding Клітинна компонента • цитоплазма • cytoplasmic stress granule • ядерце • клітинне ядро • нуклеоплазма • spliceosomal complex • Рибонуклеопротеїни Біологічний процес • stress granule assembly • response to cold • mRNA stabilization • response to UV • positive regulation of translation • negative regulation of translation • positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	1153	12696
Ensembl	ENSG00000099622	ENSMUSG00000045193
UniProt	Q14011 Q53XX5	P60824
RefSeq (мРНК)	NM_001280 NM_001300815 NM_001300829	NM_007705
RefSeq (білок)	NP_001271 NP_001287744 NP_001287758 NP_001271.1	NP_031731 NP_001366350 NP_001366351 NP_001366352 NP_001366353 NP_001366354
Локус (UCSC)	Хр. 19: 1.26 – 1.27 Mb	Хр. 10: 80.17 – 80.17 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

CIRBP (англ. Cold inducible RNA binding protein) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 172 амінокислот, а молекулярна маса — 18 648.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MASDEGKLFV		GGLSFDTNEQ		SLEQVFSKYG		QISEVVVVKD		RETQRSRGFG
FVTFENIDDA		KDAMMAMNGK		SVDGRQIRVD		QAGKSSDNRS		RGYRGGSAGG
RGFFRGGRGR		GRGFSRGGGD		RGYGGNRFES		RSGGYGGSRD		YYSSRSQSGG
YSDRSSGGSY		RDSYDSYATH		NE

A: Аланін
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, активаторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як відповідь на стрес, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Yang C., Carrier F. (2001). The UV-inducible RNA-binding protein A18 (A18 hnRNP) plays a protective role in the genotoxic stress response. J. Biol. Chem. 276: 47277—47284. PMID 11574538 DOI:10.1074/jbc.M105396200
• Yang R., Weber D.J., Carrier F. (2006). Post-transcriptional regulation of thioredoxin by the stress inducible heterogeneous ribonucleoprotein A18. Nucleic Acids Res. 34: 1224—1236. PMID 16513844 DOI:10.1093/nar/gkj519

Див. також

• Хромосома 19