Аполіпопротеїн D

Аполіпротеїн D
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2HZQ, 2HZR
Ідентифікатори
Символи	APOD, Apod, apolipoprotein D
Зовнішні ІД	OMIM: 107740 MGI: 88056 HomoloGene: 1246 GeneCards: APOD
Онтологія гена Молекулярна функція • lipid transporter activity • transporter activity • cholesterol binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • small molecule binding • lipid binding Клітинна компонента • cytosolic ribosome • внутрішньоклітинний • neuronal cell body • дендрит (нейробіологія) • ендоплазматичний ретикулум • perinuclear region of cytoplasm • екзосома • міжклітинний простір • extracellular region • цитоплазма Біологічний процес • negative regulation of T cell migration • negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway • negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production • negative regulation of smooth muscle cell proliferation • tissue regeneration • lipid metabolism • GO:0001315 response to reactive oxygen species • negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion • GO:0010260 старіння людини • negative regulation of lipoprotein lipid oxidation • brain development • peripheral nervous system axon regeneration • response to axon injury • Ангіогенез • glucose metabolic process • negative regulation of focal adhesion assembly • negative regulation of protein import into nucleus • negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response • lipid transport • GO:0015915 транспорт Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	347	11815
Ensembl	ENSG00000189058	ENSMUSG00000022548
UniProt	P05090	P51910
RefSeq (мРНК)	NM_001647	NM_001301353 NM_001301354 NM_007470
RefSeq (білок)	NP_001638	NP_001288282 NP_001288283 NP_031496
Локус (UCSC)	Хр. 3: 195.57 – 195.58 Mb	Хр. 16: 31.12 – 31.13 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Аполіпротеїн D (англ. Apolipoprotein D) – білок, який кодується геном APOD, розташованим у людей на короткому плечі 3-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 189 амінокислот, а молекулярна маса — 21 276.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MVMLLLLLSA		LAGLFGAAEG		QAFHLGKCPN		PPVQENFDVN		KYLGRWYEIE
KIPTTFENGR		CIQANYSLME		NGKIKVLNQE		LRADGTVNQI		EGEATPVNLT
EPAKLEVKFS		WFMPSAPYWI		LATDYENYAL		VYSCTCIIQL		FHVDFAWILA
RNPNLPPETV		DSLKNILTSN		NIDVKKMTVT		DQVNCPKLS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у такому біологічному процесі як транспорт. Білок має сайт для зв'язування з ліпідами. Секретований назовні.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Holzfeind P., Merschak P., Dieplinger H., Redl B. (1995). The human lacrimal gland synthesizes apolipoprotein D mRNA in addition to tear prealbumin mRNA, both species encoding members of the lipocalin superfamily. Exp. Eye Res. 61: 495—500. PMID 8549691 DOI:10.1016/S0014-4835(05)80145-9
• Balbin M., Freije J.M.P., Fueyo A., Sanchez L.M., Lopez-Otin C. (1990). Apolipoprotein D is the major protein component in cyst fluid from women with human breast gross cystic disease. Biochem. J. 271: 803—807. PMID 2244881 DOI:10.1042/bj2710803
• Bunkenborg J., Pilch B.J., Podtelejnikov A.V., Wisniewski J.R. (2004). Screening for N-glycosylated proteins by liquid chromatography mass spectrometry. Proteomics. 4: 454—465. PMID 14760718 DOI:10.1002/pmic.200300556
• Halim A., Nilsson J., Ruetschi U., Hesse C., Larson G. (2011). Human urinary glycoproteomics; attachment site specific analysis of N-and O-linked glycosylations by CID and ECD. Mol. Cell. Proteomics: —. PMID 22171320 DOI:10.1074/mcp.M111.013649
• Schindler P.A., Settineri C.A., Collet X., Fielding C.J., Burlingame A.L. (1995). Site-specific detection and structural characterization of the glycosylation of human plasma proteins lecithin:cholesterol acyltransferase and apolipoprotein D using HPLC/electrospray mass spectrometry and sequential glycosidase digestion. Protein Sci. 4: 791—803. PMID 7613477 DOI:10.1002/pro.5560040419

Див. також

• Хромосома 3