KDM6B

KDM6B
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2XUE, 2XXZ, 4ASK, 5FP3
Ідентифікатори
Символи	KDM6B, JMJD3, lysine demethylase 6B, NEDCFSA
Зовнішні ІД	OMIM: 611577 MGI: 2448492 HomoloGene: 18945 GeneCards: KDM6B
Пов'язані генетичні захворювання
syndromic intellectual disability
Онтологія гена Молекулярна функція • sequence-specific DNA binding • beta-catenin binding • chromatin binding • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • oxidoreductase activity • histone demethylase activity • histone H3-tri/di-methyl-lysine-27 demethylase activity • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • chromatin DNA binding Клітинна компонента • нуклеоплазма • клітинне ядро • MLL3/4 complex Біологічний процес • response to fungicide • histone demethylation • cell fate commitment • inflammatory response to antigenic stimulus • cardiac muscle cell differentiation • response to activity • mesodermal cell differentiation • регуляція експресії генів • endothelial cell differentiation • inflammatory response • hippocampus development • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • cellular response to hydrogen peroxide • histone H3-K27 demethylation • ремоделювання хроматину • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • positive regulation of cold-induced thermogenesis Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	23135	216850
Ensembl	ENSG00000132510	ENSMUSG00000018476
UniProt	O15054	Q5NCY0
RefSeq (мРНК)	NM_001080424 NM_001348716	NM_001017426
RefSeq (білок)	NP_001073893 NP_001335645	NP_001017426
Локус (UCSC)	Хр. 17: 7.83 – 7.85 Mb	Хр. 11: 69.4 – 69.41 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

KDM6B (англ. Lysine demethylase 6B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 643 амінокислот, а молекулярна маса — 176 632.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MHRAVDPPGA		RAAREAFALG		GLSCAGAWSS		CPPHPPPRSA		WLPGGRCSAS
IGQPPLPAPL		PPSHGSSSGH		PSKPYYAPGA		PTPRPLHGKL		ESLHGCVQAL
LREPAQPGLW		EQLGQLYESE		HDSEEATRCY		HSALRYGGSF		AELGPRIGRL
QQAQLWNFHT		GSCQHRAKVL		PPLEQVWNLL		HLEHKRNYGA		KRGGPPVKRA
AEPPVVQPVP		PAALSGPSGE		EGLSPGGKRR		RGCNSEQTGL		PPGLPLPPPP
LPPPPPPPPP		PPPPLPGLAT		SPPFQLTKPG		LWSTLHGDAW		GPERKGSAPP
ERQEQRHSLP		HPYPYPAPAY		TAHPPGHRLV		PAAPPGPGPR		PPGAESHGCL
PATRPPGSDL		RESRVQRSRM		DSSVSPAATT		ACVPYAPSRP		PGLPGTTTSS
SSSSSSNTGL		RGVEPNPGIP		GADHYQTPAL		EVSHHGRLGP		SAHSSRKPFL
GAPAATPHLS		LPPGPSSPPP		PPCPRLLRPP		PPPAWLKGPA		CRAAREDGEI
LEELFFGTEG		PPRPAPPPLP		HREGFLGPPA		SRFSVGTQDS		HTPPTPPTPT
TSSSNSNSGS		HSSSPAGPVS		FPPPPYLARS		IDPLPRPPSP		AQNPQDPPLV
PLTLALPPAP		PSSCHQNTSG		SFRRPESPRP		RVSFPKTPEV		GPGPPPGPLS
KAPQPVPPGV		GELPARGPRL		FDFPPTPLED		QFEEPAEFKI		LPDGLANIMK
MLDESIRKEE		EQQQHEAGVA		PQPPLKEPFA		SLQSPFPTDT		APTTTAPAVA
VTTTTTTTTT		TTATQEEEKK		PPPALPPPPP		LAKFPPPSQP		QPPPPPPPSP
ASLLKSLASV		LEGQKYCYRG		TGAAVSTRPG		PLPTTQYSPG		PPSGATALPP
TSAAPSAQGS		PQPSASSSSQ		FSTSGGPWAR		ERRAGEEPVP		GPMTPTQPPP
PLSLPPARSE		SEVLEEISRA		CETLVERVGR		SATDPADPVD		TAEPADSGTE
RLLPPAQAKE		EAGGVAAVSG		SCKRRQKEHQ		KEHRRHRRAC		KDSVGRRPRE
GRAKAKAKVP		KEKSRRVLGN		LDLQSEEIQG		REKSRPDLGG		ASKAKPPTAP
APPSAPAPSA		QPTPPSASVP		GKKAREEAPG		PPGVSRADML		KLRSLSEGPP
KELKIRLIKV		ESGDKETFIA		SEVEERRLRM		ADLTISHCAA		DVVRASRNAK
VKGKFRESYL		SPAQSVKPKI		NTEEKLPREK		LNPPTPSIYL		ESKRDAFSPV
LLQFCTDPRN		PITVIRGLAG		SLRLNLGLFS		TKTLVEASGE		HTVEVRTQVQ
QPSDENWDLT		GTRQIWPCES		SRSHTTIAKY		AQYQASSFQE		SLQEEKESED
EESEEPDSTT		GTPPSSAPDP		KNHHIIKFGT		NIDLSDAKRW		KPQLQELLKL
PAFMRVTSTG		NMLSHVGHTI		LGMNTVQLYM		KVPGSRTPGH		QENNNFCSVN
INIGPGDCEW		FAVHEHYWET		ISAFCDRHGV		DYLTGSWWPI		LDDLYASNIP
VYRFVQRPGD		LVWINAGTVH		WVQATGWCNN		IAWNVGPLTA		YQYQLALERY
EWNEVKNVKS		IVPMIHVSWN		VARTVKISDP		DLFKMIKFCL		LQSMKHCQVQ
RESLVRAGKK		IAYQGRVKDE		PAYYCNECDV		EVFNILFVTS		ENGSRNTYLV
HCEGCARRRS		AGLQGVVVLE		QYRTEELAQA		YDAFTLAPAS		TSR

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як запальна відповідь, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Hu L.Y., Tepper C.G., Lo S.H., Lin W.C. (2006). An efficient strategy to identify early TPA-responsive genes during differentiation of HL-60 cells. Gene Expr. 13: 179—189. PMID 17193924 DOI:10.3727/000000006783991791

Див. також

• Хромосома 17