SRSF6

SRSF6
Ідентифікатори
Символи	SRSF6, B52, HEL-S-91, SFRS6, SRP55, serine/arginine-rich splicing factor 6, serine and arginine rich splicing factor 6
Зовнішні ІД	OMIM: 601944 MGI: 1915246 HomoloGene: 110783 GeneCards: SRSF6
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding • nucleic acid binding • pre-mRNA binding Клітинна компонента • nuclear speck • клітинне ядро • нуклеоплазма Біологічний процес • mRNA splicing, via spliceosome • termination of RNA polymerase II transcription • negative regulation of keratinocyte differentiation • positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis • mRNA processing • negative regulation of cell death • regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome • mRNA export from nucleus • negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome • regulation of wound healing • mRNA splice site selection • regulation of keratinocyte proliferation • Альтернативний сплайсинг • mRNA 3'-end processing • negative regulation of gene expression • Сплайсинг РНК • response to insulin • RNA export from nucleus • negative regulation of type B pancreatic cell apoptotic process • mRNA cis splicing, via spliceosome Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	6431	67996
Ensembl	ENSG00000124193	ENSMUSG00000016921
UniProt	Q13247	Q3TWW8
RefSeq (мРНК)	NM_006275	NM_026499
RefSeq (білок)	NP_006266	NP_080775
Локус (UCSC)	Хр. 20: 43.46 – 43.47 Mb	Хр. 2: 162.77 – 162.78 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SRSF6 (англ. Serine and arginine rich splicing factor 6) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 20-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 344 амінокислот, а молекулярна маса — 39 587.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MPRVYIGRLS		YNVREKDIQR		FFSGYGRLLE		VDLKNGYGFV		EFEDSRDADD
AVYELNGKEL		CGERVIVEHA		RGPRRDRDGY		SYGSRSGGGG		YSSRRTSGRD
KYGPPVRTEY		RLIVENLSSR		CSWQDLKDFM		RQAGEVTYAD		AHKERTNEGV
IEFRSYSDMK		RALDKLDGTE		INGRNIRLIE		DKPRTSHRRS		YSGSRSRSRS
RRRSRSRSRR		SSRSRSRSIS		KSRSRSRSRS		KGRSRSRSKG		RKSRSKSKSK
PKSDRGSHSH		SRSRSKDEYE		KSRSRSRSRS		PKENGKGDIK		SKSRSRSQSR
SNSPLPVPPS		KARSVSPPPK		RATSRSRSRS		RSKSRSRSRS		SSRD

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до репресорів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Zahler A.M., Lane W.S., Stolk J.A., Roth M.B. (1992). SR proteins: a conserved family of pre-mRNA splicing factors. Genes Dev. 6: 837—847. PMID 1577277 DOI:10.1101/gad.6.5.837
• Barnard D.C., Patton J.G. (2000). Identification and characterization of a novel serine-arginine-rich splicing regulatory protein. Mol. Cell. Biol. 20: 3049—3057. PMID 10757789 DOI:10.1128/MCB.20.9.3049-3057.2000
• Tran Q., Roesser J.R. (2003). SRp55 is a regulator of calcitonin/CGRP alternative RNA splicing. Biochemistry. 42: 951—957. PMID 12549914 DOI:10.1021/bi026753a
• Jensen M.A., Wilkinson J.E., Krainer A.R. (2014). Splicing factor SRSF6 promotes hyperplasia of sensitized skin. Nat. Struct. Mol. Biol. 21: 189—197. PMID 24440982 DOI:10.1038/nsmb.2756

Див. також

• Хромосома 20