GABARAP

GABARAP
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1GNU, 1KLV, 1KM7, 1KOT, 3D32, 3DOW, 3WIM, 4XC2
Ідентифікатори
Символи	GABARAP, ATG8A, GABARAP-a, MM46, GABA type A receptor-associated protein
Зовнішні ІД	OMIM: 605125 MGI: 1861742 HomoloGene: 134119 GeneCards: GABARAP
Онтологія гена Молекулярна функція • microtubule binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • beta-tubulin binding • ubiquitin protein ligase binding • GABA receptor binding Клітинна компонента • цитоплазма • cell body • комплекс Ґольджі • мембрана • Golgi membrane • клітинна мембрана • microtubule associated complex • smooth endoplasmic reticulum • autophagosome • autophagosome membrane • actin cytoskeleton • perinuclear region of cytoplasm • GO:0035085 Аксонема • лізосома • sperm midpiece • Цитоскелет • мікротрубочка • GO:0016023 cytoplasmic vesicle • система ендомембран • гіалоплазма Біологічний процес • chemical synaptic transmission • сортування білків • Автофагія • protein transport • macroautophagy • microtubule cytoskeleton organization • extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors • GO:0097285 апоптоз • GO:0000046 autophagosome maturation • autophagosome assembly • autophagy of mitochondrion • cellular response to nitrogen starvation Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	11337	56486
Ensembl	ENSG00000170296	ENSMUSG00000018567
UniProt	O95166	Q9DCD6
RefSeq (мРНК)	NM_007278	NM_019749
RefSeq (білок)	NP_009209	NP_062723
Локус (UCSC)	Хр. 17: 7.24 – 7.24 Mb	Хр. 11: 69.88 – 69.89 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

GABARAP (англ. GABA type A receptor-associated protein) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 117 амінокислот, а молекулярна маса — 13 918.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MKFVYKEEHP		FEKRRSEGEK		IRKKYPDRVP		VIVEKAPKAR		IGDLDKKKYL
VPSDLTVGQF		YFLIRKRIHL		RAEDALFFFV		NNVIPPTSAT		MGQLYQEHHE
EDFFLYIAYS		DESVYGL

A: Аланін
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах, як апоптоз, транспорт, транспорт білків, автофагія. Локалізований у цитоплазмі, цитоскелеті, мембрані, цитоплазматичних везикулах, апараті гольджі.

Література

• Wang H., Bedford F.K., Brandon N.J., Moss S.J., Olsen R.W. (1999). GABA(A)-receptor-associated protein links GABA(A) receptors and the cytoskeleton. Nature. 397: 69—72. PMID 9892355 DOI:10.1038/16264
• Tanida I., Tanida-Miyake E., Ueno T., Kominami E. (2001). The human homolog of Saccharomyces cerevisiae Apg7p is a Protein-activating enzyme for multiple substrates including human Apg12p, GATE-16, GABARAP, and MAP-LC3. J. Biol. Chem. 276: 1701—1706. PMID 11096062 DOI:10.1074/jbc.C000752200
• Tanida I., Tanida-Miyake E., Komatsu M., Ueno T., Kominami E. (2002). Human Apg3p/Aut1p homologue is an authentic E2 enzyme for multiple substrates, GATE-16, GABARAP, and MAP-LC3, and facilitates the conjugation of hApg12p to hApg5p. J. Biol. Chem. 277: 13739—13744. PMID 11825910 DOI:10.1074/jbc.M200385200
• Tanida I., Komatsu M., Ueno T., Kominami E. (2003). GATE-16 and GABARAP are authentic modifiers mediated by Apg7 and Apg3. Biochem. Biophys. Res. Commun. 300: 637—644. PMID 12507496 DOI:10.1016/S0006-291X(02)02907-8
• Lee J.H., Rho S.B., Chun T. (2005). GABAA receptor-associated protein (GABARAP) induces apoptosis by interacting with DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box polypeptide 47 (DDX 47). Biotechnol. Lett. 27: 623—628. PMID 15977068 DOI:10.1007/s10529-005-3628-2
• Behrends C., Sowa M.E., Gygi S.P., Harper J.W. (2010). Network organization of the human autophagy system. Nature. 466: 68—76. PMID 20562859 DOI:10.1038/nature09204

Див. також

• Хромосома 17