PDLIM1

PDLIM1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1X62, 2PKT
Ідентифікатори
Символи	PDLIM1, CLIM1, CLP-36, CLP36, HEL-S-112, hCLIM1, PDZ and LIM domain 1
Зовнішні ІД	OMIM: 605900 MGI: 1860611 HomoloGene: 9643 GeneCards: PDLIM1
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001105 transcription coactivator activity • зв'язування з іоном металу • cadherin binding involved in cell-cell adhesion • actin binding • muscle alpha-actinin binding Клітинна компонента • цитоплазма • Цитоскелет • focal adhesion • transcription regulator complex • Z disc • stress fiber • filamentous actin Біологічний процес • response to hypoxia • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:0001306 response to oxidative stress • cell-cell adhesion • positive regulation of nucleic acid-templated transcription • heart development • actin cytoskeleton organization • muscle structure development Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	9124	54132
Ensembl	ENSG00000107438	ENSMUSG00000055044
UniProt	O00151	O70400
RefSeq (мРНК)	NM_020992	NM_016861
RefSeq (білок)	NP_066272	NP_058557
Локус (UCSC)	Хр. 10: 95.24 – 95.29 Mb	Хр. 19: 40.21 – 40.26 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

PDLIM1 (англ. PDZ and LIM domain 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 10-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 329 амінокислот, а молекулярна маса — 36 072.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MTTQQIDLQG		PGPWGFRLVG		GKDFEQPLAI		SRVTPGSKAA		LANLCIGDVI
TAIDGENTSN		MTHLEAQNRI		KGCTDNLTLT		VARSEHKVWS		PLVTEEGKRH
PYKMNLASEP		QEVLHIGSAH		NRSAMPFTAS		PASSTTARVI		TNQYNNPAGL
YSSENISNFN		NALESKTAAS		GVEANSRPLD		HAQPPSSLVI		DKESEVYKML
QEKQELNEPP		KQSTSFLVLQ		EILESEEKGD		PNKPSGFRSV		KAPVTKVAAS
IGNAQKLPMC		DKCGTGIVGV		FVKLRDRHRH		PECYVCTDCG		TNLKQKGHFF
VEDQIYCEKH		ARERVTPPEG		YEVVTVFPK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у цитоплазмі, цитоскелеті.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Vallenius T., Luukko K., Makela T.P. (2000). CLP-36 PDZ-LIM protein associates with nonmuscle alpha-actinin-1 and alpha-actinin-4. J. Biol. Chem. 275: 11100—11105. PMID 10753915 DOI:10.1074/jbc.275.15.11100

Див. також

• Хромосома 10