PNPT1

PNPT1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 3U1K
Ідентифікатори
Символи	PNPT1, COXPD13, DFNB70, OLD35, PNPASE, old-35, polyribonucleotide nucleotidyltransferase 1
Зовнішні ІД	OMIM: 610316 MGI: 1918951 HomoloGene: 12404 GeneCards: PNPT1
Пов'язані генетичні захворювання
autosomal recessive nonsyndromic deafness 70
Онтологія гена Молекулярна функція • transferase activity • nucleotidyltransferase activity • 3'-5'-exoribonuclease activity • miRNA binding • poly(U) RNA binding • poly(G) binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • nuclease activity • exonuclease activity • polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity • hydrolase activity • RNA binding Клітинна компонента • цитоплазма • мембрана • мітохондріальний міжмембранний простір • mitochondrial degradosome • мітохондрія • клітинне ядро • endoplasmic reticulum membrane • гіалоплазма • polysomal ribosome Біологічний процес • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • negative regulation of growth • mitochondrial mRNA catabolic process • mRNA catabolic process • nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process • mitochondrial RNA catabolic process • cellular response to interferon-beta • nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis • mitochondrial RNA 3'-end processing • mRNA processing • Деградація РНК • mitochondrial mRNA polyadenylation • protein homotrimerization • mitochondrial RNA 5'-end processing • regulation of cellular senescence • cellular response to oxidative stress • rRNA import into mitochondrion • regulation of cellular respiration • positive regulation of miRNA catabolic process • mitochondrion morphogenesis • protein homooligomerization • RNA polyadenylation • positive regulation of mitochondrial RNA catabolic process • RNA import into mitochondrion • RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic • response to cAMP • response to growth hormone • positive regulation of mRNA catabolic process • liver regeneration • GO:0015915 транспорт • mitochondrial RNA processing Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	87178	71701
Ensembl	ENSG00000138035	ENSMUSG00000020464
UniProt	Q8TCS8	Q8K1R3
RefSeq (мРНК)	NM_033109	NM_027869
RefSeq (білок)	NP_149100	NP_082145
Локус (UCSC)	Хр. 2: 55.63 – 55.69 Mb	Хр. 11: 29.08 – 29.11 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

PNPT1 (англ. Polyribonucleotide nucleotidyltransferase 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 2-й хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 783 амінокислот, а молекулярна маса — 85 951.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAACRYCCSC		LRLRPLSDGP		FLLPRRDRAL		TQLQVRALWS		SAGSRAVAVD
LGNRKLEISS		GKLARFADGS		AVVQSGDTAV		MVTAVSKTKP		SPSQFMPLVV
DYRQKAAAAG		RIPTNYLRRE		IGTSDKEILT		SRIIDRSIRP		LFPAGYFYDT
QVLCNLLAVD		GVNEPDVLAI		NGASVALSLS		DIPWNGPVGA		VRIGIIDGEY
VVNPTRKEMS		SSTLNLVVAG		APKSQIVMLE		ASAENILQQD		FCHAIKVGVK
YTQQIIQGIQ		QLVKETGVTK		RTPQKLFTPS		PEIVKYTHKL		AMERLYAVFT
DYEHDKVSRD		EAVNKIRLDT		EEQLKEKFPE		ADPYEIIESF		NVVAKEVFRS
IVLNEYKRCD		GRDLTSLRNV		SCEVDMFKTL		HGSALFQRGQ		TQVLCTVTFD
SLESGIKSDQ		VITAINGIKD		KNFMLHYEFP		PYATNEIGKV		TGLNRRELGH
GALAEKALYP		VIPRDFPFTI		RVTSEVLESN		GSSSMASACG		GSLALMDSGV
PISSAVAGVA		IGLVTKTDPE		KGEIEDYRLL		TDILGIEDYN		GDMDFKIAGT
NKGITALQAD		IKLPGIPIKI		VMEAIQQASV		AKKEILQIMN		KTISKPRASR
KENGPVVETV		QVPLSKRAKF		VGPGGYNLKK		LQAETGVTIS		QVDEETFSVF
APTPSAMHEA		RDFITEICKD		DQEQQLEFGA		VYTATITEIR		DTGVMVKLYP
NMTAVLLHNT		QLDQRKIKHP		TALGLEVGQE		IQVKYFGRDP		ADGRMRLSRK
VLQSPATTVV		RTLNDRSSIV		MGEPISQSSS		NSQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, гідролаз, екзонуклеаз, нуклеаз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, транспорт, ацетилювання. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, мембрані, мітохондрії.

Література

• Raijmakers R., Vree Egberts W., van Venrooij W.J., Pruijn G.J.M. (2002). Protein-protein interactions between human exosome components support the assembly of RNase PH-type subunits into a six-membered PNPase-like ring. J. Mol. Biol. 323: 653—663. PMID 12419256 DOI:10.1016/S0022-2836(02)00947-6
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Sarkar D., Park E.S., Fisher P.B. (2006). Defining the mechanism by which IFN-beta dowregulates c-myc expression in human melanoma cells: pivotal role for human polynucleotide phosphorylase (hPNPaseold-35). Cell Death Differ. 13: 1541—1553. PMID 16410805 DOI:10.1038/sj.cdd.4401829
• Wu J., Li Z. (2008). Human polynucleotide phosphorylase reduces oxidative RNA damage and protects HeLa cell against oxidative stress. Biochem. Biophys. Res. Commun. 372: 288—292. PMID 18501193 DOI:10.1016/j.bbrc.2008.05.058
• Portnoy V., Palnizky G., Yehudai-Resheff S., Glaser F., Schuster G. (2008). Analysis of the human polynucleotide phosphorylase (PNPase) reveals differences in RNA binding and response to phosphate compared to its bacterial and chloroplast counterparts. RNA. 14: 297—309. PMID 18083836 DOI:10.1261/rna.698108
• Slomovic S., Schuster G. (2008). Stable PNPase RNAi silencing: its effect on the processing and adenylation of human mitochondrial RNA. RNA. 14: 310—323. PMID 18083837 DOI:10.1261/rna.697308

Див. також

• Хромосома 2