TNRC6C

TNRC6C
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2DKL, 2X04, 3KTP
Ідентифікатори
Символи	TNRC6C, trinucleotide repeat containing 6C, trinucleotide repeat containing adaptor 6C
Зовнішні ІД	OMIM: 610741 MGI: 2443265 HomoloGene: 23137 GeneCards: TNRC6C
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding • nucleic acid binding Клітинна компонента • гіалоплазма • P-body • нуклеоплазма Біологічний процес • GO:0035194 РНК-інтерференція • positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening • gene silencing by miRNA • positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay • regulation of translation • Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway • Сайленсинг генів • miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation • regulation of megakaryocyte differentiation • GO:1901313 positive regulation of gene expression • negative regulation of gene expression Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	57690	217351
Ensembl	ENSG00000078687	ENSMUSG00000025571
UniProt	Q9HCJ0	Q3UHC0
RefSeq (мРНК)	NM_001142640 NM_018996 NM_001395508 NM_001395509 NM_001395510 NM_001395511 NM_001395512	NM_198022 NM_001395514 NM_001395515
RefSeq (білок)	NP_001136112 NP_061869	NP_932139 NP_001382443 NP_001382444
Локус (UCSC)	Хр. 17: 77.96 – 78.11 Mb	Хр. 11: 117.55 – 117.65 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

TNRC6C (англ. Trinucleotide repeat containing 6C) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 17-й хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 690 амінокислот, а молекулярна маса — 175 964.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MATGSAQGNF		TGHTKKTNGN		NGTNGALVQS		PSNQSALGAG		GANSNGSAAR
VWGVATGSSS		GLAHCSVSGG		DGKMDTMIGD		GRSQNCWGAS		NSNAGINLNL
NPNANPAAWP		VLGHEGTVAT		GNPSSICSPV		SAIGQNMGNQ		NGNPTGTLGA
WGNLLPQEST		EPQTSTSQNV		SFSAQPQNLN		TDGPNNTNPM		NSSPNPINAM
QTNGLPNWGM		AVGMGAIIPP		HLQGLPGANG		SSVSQVSGGS		AEGISNSVWG
LSPGNPATGN		SNSGFSQGNG		DTVNSALSAK		QNGSSSAVQK		EGSGGNAWDS
GPPAGPGILA		WGRGSGNNGV		GNIHSGAWGH		PSRSTSNGVN		GEWGKPPNQH
SNSDINGKGS		TGWESPSVTS		QNPTVQPGGE		HMNSWAKAAS		SGTTASEGSS
DGSGNHNEGS		TGREGTGEGR		RRDKGIIDQG		HIQLPRNDLD		PRVLSNTGWG
QTPVKQNTAW		EFEESPRSER		KNDNGTEAWG		CAATQASNSG		GKNDGSIMNS
TNTSSVSGWV		NAPPAAVPAN		TGWGDSNNKA		PSGPGVWGDS		ISSTAVSTAA
AAKSGHAWSG		AANQEDKSPT		WGEPPKPKSQ		HWGDGQRSNP		AWSAGGGDWA
DSSSVLGHLG		DGKKNGSGWD		ADSNRSGSGW		NDTTRSGNSG		WGNSTNTKAN
PGTNWGETLK		PGPQQNWASK		PQDNNVSNWG		GAASVKQTGT		GWIGGPVPVK
QKDSSEATGW		EEPSPPSIRR		KMEIDDGTSA		WGDPSNYNNK		TVNMWDRNNP
VIQSSTTTNT		TTTTTTTTSN		TTHRVETPPP		HQAGTQLNRS		PLLGPGRKVS
SGWGEMPNVH		SKTENSWGEP		SSPSTLVDNG		TAAWGKPPSS		GSGWGDHPAE
PPVAFGRAGA		PVAASALCKP		ASKSMQEGWG		SGGDEMNLST		SQWEDEEGDV
WNNAASQEST		SSCSSWGNAP		KKGLQKGMKT		SGKQDEAWIM		SRLIKQLTDM
GFPREPAEEA		LKSNNMNLDQ		AMSALLEKKV		DVDKRGLGVT		DHNGMAAKPL
GCRPPISKES		SVDRPTFLDK		DGGLVEEPTP		SPFLPSPSLK		LPLSHSALPS
QALGGIASGL		GMQNLNSSRQ		IPSGNLGMFG		NSGAAQARTM		QQPPQPPVQP
LNSSQPSLRA		QVPQFLSPQV		QAQLLQFAAK		NIGLNPALLT		SPINPQHMTM
LNQLYQLQLA		YQRLQIQQQM		LQAQRNVSGS		MRQQEQQVAR		TITNLQQQIQ
QHQRQLAQAL		LVKQPPPPPP		PPHLSLHPSA		GKSAMDSFPS		HPQTPGLPDL
QTKEQQSSPN		TFAPYPLAGL		NPNMNVNSMD		MTGGLSVKDP		SQSQSRLPQW
THPNSMDNLP		SAASPLEQNP		SKHGAIPGGL		SIGPPGKSSI		DDSYGRYDLI
QNSESPASPP		VAVPHSWSRA		KSDSDKISNG		SSINWPPEFH		PGVPWKGLQN
IDPENDPDVT		PGSVPTGPTI		NTTIQDVNRY		LLKSGGKLSD		IKSTWSSGPT
SHTQASLSHE		LWKVPRNSTA		PTRPPPGLTN		PKPSSTWGAS		PLGWTSSYSS
GSAWSTDTSG		RTSSWLVLRN		LTPQIDGSTL		RTLCLQHGPL		ITFHLNLTQG
NAVVRYSSKE		EAAKAQKSLH		MCVLGNTTIL		AEFAGEEEVN		RFLAQGQALP
PTSSWQSSSA		SSQPRLSAAG		SSHGLVRSDA		GHWNAPCLGG		KGSSELLWGG
VPQYSSSLWG		PPSADDSRVI		GSPTPLTTLL		PGDLLSGESL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як регуляція трансляції, РНК-залежне заглушення генів, альтернативний сплайсинг, метилювання. Білок має сайт для зв'язування з РНК.

Література

• Nagase T., Kikuno R., Nakayama M., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVIII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 273—281. PMID 10997877 DOI:10.1093/dnares/7.4.271
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Zipprich J.T., Bhattacharyya S., Mathys H., Filipowicz W. (2009). Importance of the C-terminal domain of the human GW182 protein TNRC6C for translational repression. RNA. 15: 781—793. PMID 19304925 DOI:10.1261/rna.1448009
• Lazzaretti D., Tournier I., Izaurralde E. (2009). The C-terminal domains of human TNRC6A, TNRC6B, and TNRC6C silence bound transcripts independently of Argonaute proteins. RNA. 15: 1059—1066. PMID 19383768 DOI:10.1261/rna.1606309
• Braun J.E., Huntzinger E., Fauser M., Izaurralde E. (2011). GW182 proteins directly recruit cytoplasmic deadenylase complexes to miRNA targets. Mol. Cell. 44: 120—133. PMID 21981923 DOI:10.1016/j.molcel.2011.09.007

Див. також

• Хромосома 17