TRIM6

TRIM6
Ідентифікатори
Символи	TRIM6, RNF89, tripartite motif containing 6
Зовнішні ІД	OMIM: 607564 MGI: 2137352 HomoloGene: 14381 GeneCards: TRIM6
Онтологія гена Молекулярна функція • protein-macromolecule adaptor activity • protein tyrosine kinase binding • GO:1904264, GO:1904822, GO:0090622, GO:0090302 ubiquitin protein ligase activity • zinc ion binding • transcription factor binding • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • protein kinase binding • transferase activity Клітинна компонента • цитоплазма • гіалоплазма • внутрішньоклітинний • клітинне ядро Біологічний процес • positive regulation of transcription regulatory region DNA binding • cellular response to virus • positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway • regulation of NIK/NF-kappaB signaling • free ubiquitin chain polymerization • cellular response to interferon-beta • protein trimerization • protein polyubiquitination • negative regulation of gene expression • positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation • negative regulation of stem cell differentiation • response to lipopolysaccharide • negative regulation of viral genome replication • GO:1901313 positive regulation of gene expression • positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation • Убіквітин-залежний протеоліз • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of defense response to virus by host • GO:0022415 viral process Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	117854	94088
Ensembl	ENSG00000121236	ENSMUSG00000072244
UniProt	Q9C030	Q8BGE7
RefSeq (мРНК)	NM_058166 NM_001003818 NM_001198644 NM_001198645	NM_001013616
RefSeq (білок)	NP_001003818 NP_001185573 NP_001185574 NP_477514	NP_001013637
Локус (UCSC)	Хр. 11: 5.6 – 5.61 Mb	Хр. 7: 103.87 – 103.88 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

TRIM6 (англ. Tripartite motif containing 6) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 11-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 488 амінокислот, а молекулярна маса — 56 400.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MTSPVLVDIR		EEVTCPICLE		LLTEPLSIDC		GHSFCQACIT		PNGRESVIGQ
EGERSCPVCQ		TSYQPGNLRP		NRHLANIVRR		LREVVLGPGK		QLKAVLCADH
GEKLQLFCQE		DGKVICWLCE		RSQEHRGHHT		FLVEEVAQEY		QEKFQESLKK
LKNEEQEAEK		LTAFIREKKT		SWKNQMEPER		CRIQTEFNQL		RNILDRVEQR
ELKKLEQEEK		KGLRIIEEAE		NDLVHQTQSL		RELISDLERR		CQGSTMELLQ
DVSDVTERSE		FWTLRKPEAL		PTKLRSMFRA		PDLKRMLRVC		RELTDVQSYW
VDVTLNPHTA		NLNLVLAKNR		RQVRFVGAKV		SGPSCLEKHY		DCSVLGSQHF
SSGKHYWEVD		VAKKTAWILG		VCSNSLGPTF		SFNHFAQNHS		AYSRYQPQSG
YWVIGLQHNH		EYRAYEDSSP		SLLLSMTVPP		RRVGVFLDYE		AGTVSFYNVT
NHGFPIYTFS		KYYFPTTLCP		YFNPCNCVIP		MTLRRPSS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до трансфераз. Задіяний у таких біологічних процесах, як убіквітинування білків, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у цитоплазмі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Li X., Yeung D.F., Fiegen A.M., Sodroski J. (2011). Determinants of the higher order association of the restriction factor TRIM5alpha and other tripartite motif (TRIM) proteins. J. Biol. Chem. 286: 27959—27970. PMID 21680743 DOI:10.1074/jbc.M111.260406

Див. також

• Хромосома 11