UPF2

UPF2
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1UW4, 2WJV, 4CEK, 4CEM
Ідентифікатори
Символи	UPF2, HRENT2, smg-3, UPF2 regulator of nonsense transcripts homolog (yeast), regulator of nonsense mediated mRNA decay, UPF2 regulator of nonsense mediated mRNA decay
Зовнішні ІД	OMIM: 605529 MGI: 2449307 HomoloGene: 6101 GeneCards: UPF2
Пов'язані генетичні захворювання
рак простати
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • telomeric DNA binding • RNA binding Клітинна компонента • цитоплазма • perinuclear region of cytoplasm • exon-exon junction complex • клітинне ядро • гіалоплазма • Полісома • cytoplasmic ribonucleoprotein granule Біологічний процес • liver development • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay • mRNA export from nucleus • animal organ regeneration Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	26019	326622
Ensembl	ENSG00000151461	ENSMUSG00000043241
UniProt	Q9HAU5	A2AT37
RefSeq (мРНК)	NM_015542 NM_080599	NM_001081132
RefSeq (білок)	NP_056357 NP_542166	NP_001074601
Локус (UCSC)	Хр. 10: 11.92 – 12.04 Mb	Хр. 2: 5.96 – 6.06 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

UPF2 (англ. UPF2, regulator of nonsense mediated mRNA decay) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 10-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 272 амінокислот, а молекулярна маса — 147 810.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MPAERKKPAS		MEEKDSLPNN		KEKDCSERRT		VSSKERPKDD		IKLTAKKEVS
KAPEDKKKRL		EDDKRKKEDK		ERKKKDEEKV		KAEEESKKKE		EEEKKKHQEE
ERKKQEEQAK		RQQEEEAAAQ		MKEKEESIQL		HQEAWERHHL		RKELRSKNQN
APDSRPEENF		FSRLDSSLKK		NTAFVKKLKT		ITEQQRDSLS		HDFNGLNLSK
YIAEAVASIV		EAKLKISDVN		CAVHLCSLFH		QRYADFAPSL		LQVWKKHFEA
RKEEKTPNIT		KLRTDLRFIA		ELTIVGIFTD		KEGLSLIYEQ		LKNIINADRE
SHTHVSVVIS		FCRHCGDDIA		GLVPRKVKSA		AEKFNLSFPP		SEIISPEKQQ
PFQNLLKEYF		TSLTKHLKRD		HRELQNTERQ		NRRILHSKGE		LSEDRHKQYE
EFAMSYQKLL		ANSQSLADLL		DENMPDLPQD		KPTPEEHGPG		IDIFTPGKPG
EYDLEGGIWE		DEDARNFYEN		LIDLKAFVPA		ILFKDNEKSC		QNKESNKDDT
KEAKESKENK		EVSSPDDLEL		ELENLEINDD		TLELEGGDEA		EDLTKKLLDE
QEQEDEEAST		GSHLKLIVDA		FLQQLPNCVN		RDLIDKAAMD		FCMNMNTKAN
RKKLVRALFI		VPRQRLDLLP		FYARLVATLH		PCMSDVAEDL		CSMLRGDFRF
HVRKKDQINI		ETKNKTVRFI		GELTKFKMFT		KNDTLHCLKM		LLSDFSHHHI
EMACTLLETC		GRFLFRSPES		HLRTSVLLEQ		MMRKKQAMHL		DARYVTMVEN
AYYYCNPPPA		EKTVKKKRPP		LQEYVRKLLY		KDLSKVTTEK		VLRQMRKLPW
QDQEVKDYVI		CCMINIWNVK		YNSIHCVANL		LAGLVLYQED		VGIHVVDGVL
EDIRLGMEVN		QPKFNQRRIS		SAKFLGELYN		YRMVESAVIF		RTLYSFTSFG
VNPDGSPSSL		DPPEHLFRIR		LVCTILDTCG		QYFDRGSSKR		KLDCFLVYFQ
RYVWWKKSLE		VWTKDHPFPI		DIDYMISDTL		ELLRPKIKLC		NSLEESIRQV
QDLEREFLIK		LGLVNDKDSK		DSMTEGENLE		EDEEEEEGGA		ETEEQSGNES
EVNEPEEEEG		SDNDDDEGEE		EEEENTDYLT		DSNKENETDE		ENTEVMIKGG
GLKHVPCVED		EDFIQALDKM		MLENLQQRSG		ESVKVHQLDV		AIPLHLKSQL
RKGPPLGGGE		GEAESADTMP		FVMLTRKGNK		QQFKILNVPM		SSQLAANHWN
QQQAEQEERM		RMKKLTLDIN		ERQEQEDYQE		MLQSLAQRPA		PANTNRERRP
RYQHPKGAPN		ADLIFKTGGR		RR

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі, як альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі.

Література

• Mendell J.T., Medghalchi S.M., Lake R.G., Noensie E.N., Dietz H.C. (2000). Novel Upf2p orthologues suggest a functional link between translation initiation and nonsense surveillance complexes. Mol. Cell. Biol. 20: 8944—8957. PMID 11073994 DOI:10.1128/MCB.20.23.8944-8957.2000
• Lykke-Andersen J., Shu M.-D., Steitz J.A. (2000). Human Upf proteins target an mRNA for nonsense-mediated decay when bound downstream of a termination codon. Cell. 103: 1121—1131. PMID 11163187 DOI:10.1016/S0092-8674(00)00214-2
• Serin G., Gersappe A., Black J.D., Aronoff R., Maquat L.E. (2001). Identification and characterization of human orthologues to Saccharomyces cerevisiae Upf2 protein and Upf3 protein (Caenorhabditis elegans SMG-4). Mol. Cell. Biol. 21: 209—223. PMID 11113196 DOI:10.1128/MCB.21.1.209-223.2001
• Nagase T., Kikuno R., Ishikawa K., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVI. The complete sequences of 150 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 65—73. PMID 10718198 DOI:10.1093/dnares/7.1.65
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Yamashita A., Ohnishi T., Kashima I., Taya Y., Ohno S. (2001). Human SMG-1, a novel phosphatidylinositol 3-kinase-related protein kinase, associates with components of the mRNA surveillance complex and is involved in the regulation of nonsense-mediated mRNA decay. Genes Dev. 15: 2215—2228. PMID 11544179 DOI:10.1101/gad.913001

Див. також

• Хромосома 10