YOD1

YOD1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 4BOQ, 4BOS, 4BOZ
Ідентифікатори
Символи	YOD1, DUBA8, OTUD2, PRO0907, YOD1 deubiquitinase
Зовнішні ІД	OMIM: 612023 MGI: 2442596 HomoloGene: 13176 GeneCards: YOD1
Онтологія гена Молекулярна функція • Lys63-specific deubiquitinase activity • cysteine-type peptidase activity • thiol-dependent deubiquitinase • зв'язування з іоном металу • Lys48-specific deubiquitinase activity • GO:0070122 peptidase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:1904265 deubiquitinase activity • hydrolase activity • ubiquitin protein ligase binding • nucleic acid binding Клітинна компонента • клітинне ядро • гіалоплазма • цитоплазма Біологічний процес • protein K29-linked deubiquitination • protein K48-linked deubiquitination • protein K27-linked deubiquitination • протеоліз • protein K33-linked deubiquitination • Відповідь на незгорнуті білки • response to unfolded protein • protein K63-linked deubiquitination • ubiquitin-dependent ERAD pathway • protein K11-linked deubiquitination • negative regulation of retrograde protein transport, ER to cytosol • protein deubiquitination • macroautophagy Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	55432	226418
Ensembl	ENSG00000180667	ENSMUSG00000046404
UniProt	Q5VVQ6	Q8CB27
RefSeq (мРНК)	NM_001276320 NM_018566	NM_178691
RefSeq (білок)	NP_001263249 NP_061036	NP_848806
Локус (UCSC)	Хр. 1: 207.04 – 207.05 Mb	Хр. 1: 130.65 – 130.65 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

YOD1 (англ. YOD1 deubiquitinase) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 1-й хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 348 амінокислот, а молекулярна маса — 38 322.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MFGPAKGRHF		GVHPAPGFPG		GVSQQAAGTK		AGPAGAWPVG		SRTDTMWRLR
CKAKDGTHVL		QGLSSRTRVR		ELQGQIAAIT		GIAPGGQRIL		VGYPPECLDL
SNGDTILEDL		PIQSGDMLII		EEDQTRPRSS		PAFTKRGASS		YVRETLPVLT
RTVVPADNSC		LFTSVYYVVE		GGVLNPACAP		EMRRLIAQIV		ASDPDFYSEA
ILGKTNQEYC		DWIKRDDTWG		GAIEISILSK		FYQCEICVVD		TQTVRIDRFG
EDAGYTKRVL		LIYDGIHYDP		LQRNFPDPDT		PPLTIFSSND		DIVLVQALEL
ADEARRRRQF		TDVNRFTLRC		MVCQKGLTGQ		AEAREHAKET		GHTNFGEV

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, протеаз, тіолових протеаз. Задіяний у таких біологічних процесах, як відповідь на порушення конформації білку, убіквітинування білків, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у цитоплазмі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Ernst R., Mueller B., Ploegh H.L., Schlieker C. (2009). The otubain YOD1 is a deubiquitinating enzyme that associates with p97 to facilitate protein dislocation from the ER. Mol. Cell. 36: 28—38. PMID 19818707 DOI:10.1016/j.molcel.2009.09.016

Див. також

• Хромосома 1