Користувачка:Helixitta/Lab

Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
Перейти до навігації Перейти до пошуку
@Ї Yo
Here be experimenting
Себто, це чернетка.


Helixitta (обговореннявнесокінфостаттіжурналиблокуваннязаблокувати)

random[ред. | ред. код]

Текст

1[ред. | ред. код]

Протаміни[ред. | ред. код]

Протаміни — білки хроматину, які замінюють гістони в сперматозоїдах під час сперматогенезу, що дозволяє щільніше запакувати ДНК в ядрі, зробивши голівку сперматозоїда меншою і легшою для руху.[1] Протаміни — невеликі білки, які містять велику кількість амінокислот аргініну та цистеїну. Заміна гістонів на протаміни, та гаплоїдний набір хромосом, робить ядро сперматозоїда 1/20 об'єму соматичного ядра.[1] Протаміни не замінюють повністю всі гістони, залишаючи 1-15% ДНК намотаною на гістонові білки у складі нуклеосом,[2] тоді як одиниця взаємодії ДНК та протамінів називається нуклеопротаміном.

Більшість ссавців має лише один протамінний білок, тоді як у мишей та у людей наявні два типи протамінів: PRM1 та PRM2. Проте співвідношення PRM1/PRM2 може відрізнятися, так у людей воно вище ніж у мишей.[1]

Зв'язування з ДНК[ред. | ред. код]

Протаміни зв'язуються з ДНК у великому жолобку, загинаючи молекулу ДНК навколо себе. Протаміни з ДНК нагромаджуються, створюючи тороїдо-подібні хроматинові структури у 50-70 нм в діаметрі, в яких міститься приблизно 50 тис. пар основ молекули ДНК.[1]

11[ред. | ред. код]

Про проєкт

Вітаємо вас, друзі! Цей проєкт існує в рамках Проєкту Біологія і має своєю метою координацію роботи з написання статей, присвячених молекулярній біології та близьким розділам біофізики та генетики.

Першочерговим завданням проєкту є опрацювати статті про білки (близько 18 тисяч), які створені напівавтоматично за допомогою бота. Звісно, білками все не обмежиться, тому чекайте оновлення інформації.

На сторінці обговорення вже зараз можна обговорити всі питання, дотичні до молекулярної біології. Запрошуємо долучатись!

Як писати?[ред. | ред. код]

Створення і оцінка статей[ред. | ред. код]

До всіх статей, які ви створюєте, редагуєте, або обговорюєте в межах проєкту, а також категорій з даної тематики, додавайте будь ласка, шаблон {{Стаття проєкту Молекулярна біологія}}. Статті вікіпроєкту можуть бути оцінені за шкалою рівнів, а також за шкалою важливості. Цілком заповнений шаблон має наступний вигляд:

{{Стаття проєкту Молекулярна біологія|рівень=3|важливість=Низька}}

або просто

{{Стаття проєкту Молекулярна біологія|3|Низька}}

Назви статей про білки[ред. | ред. код]

Статті, присвячені білкам, назви яких не мають українських відповідників, слід іменувати міжнародними абревіатурами відповідно до сайтів Protein Data Bank та UniProt.

Пропонується створювати статті про білки, їх групи та родини за такою структурою

Класифікація
гени, ізоформи, номенклатура, субодиничний склад
Структура
домени, мотиви, активні цетри
Локалізація
клітини та тканини
Функція
Фізіологічна функція
Регуляція
регуляція експресії та посттрансляційна регуляція
Взаємодії
з білками та іншими молекулами
Медичне значення
роль у патологіях
Історія
історія дослідження

Учасники[ред. | ред. код]

Учасників проєкту просимо додавати на своїй сторінці шаблон {{Учасник проєкту:Молекулярна біологія}}.

Для поповнення списку учасників просимо додати # --~~~~

Список учасників:[ред. | ред. код]

Статті до створення[ред. | ред. код]

Коли знаходите червоне посилання на статтю з молекулярної біології — розміщуйте, будь ласка, тут. Бажано знаходити іншомовний відповідник.

Окрім того, тут список червоних посилань зі статей з молекулярної біології.

Статті для поліпшення [ред. | ред. код]

Довести до добрих Важливі статті без джерел

Усі статті без джерел

Інші статті до поліпшення

Інші статті з проблемами

Категорії статей до поліпшення:

Студентські розробки:

Категоризація [ред. | ред. код]

Частину статей категоризовано автоматично, інші доводиться розбирати вручну. Всі некатегоризовані статті знаходяться у Категорія:Некатегоризовані білки. Будь ласка, переносьте їх у наявні категорії, або створюйте нові.

Зв'язність [ред. | ред. код]

Більшість статей стали ізольованими, але серед червоних посилань багато неточних лінків на вже наявні статті. Будь ласка, знаходьте та виправляйте їх у списку.

Категорії проєкту[ред. | ред. код]

Основні категорії

Здобутки проєкту[ред. | ред. код]

Вибрані статті[ред. | ред. код]

Задача проєкту не тільки створювати нові вибрані статті, але й слідкувати за якістю обраних раніше, оновлювати їх, поліпшувати тощо.

Білки  • АМРА-рецептор  • Транспозон  • Процесинг РНК  • Редагування РНК  • ДНК-вакцина  • Флуоресценція в біологічних дослідженнях  •

Статті, що мають бути поліпшені для збереження статусу:

Добрі статті]][ред. | ред. код]

Інактивація X-хромосоми  • АТФ-залежні калієві канали

Вибрані списки[ред. | ред. код]

Наразі відсутні.

Створені статті [ред. | ред. код]

Будь ласка, додавайте створені вами статті на підсторінку Вікіпедія:Проєкт:Молекулярна біологія/Створені статті.

Статистика [ред. | ред. код]

Вся статистика проєкту збирається тут

Корисні джерела інформації[ред. | ред. код]

d[ред. | ред. код]

Justtt[ред. | ред. код]

 Примітки[ред. | ред. код]

  1. а б в г Blanco, Mélina; Cocquet, Julie (2019). Genetic Factors Affecting Sperm Chromatin Structure. Advances in Experimental Medicine and Biology 1166: 1–28. ISSN 0065-2598. PMID 31301043. doi:10.1007/978-3-030-21664-1_1. Процитовано 2020-02-27. 
  2. Zheng, Hui; Xie, Wei (09 2019). The role of 3D genome organization in development and cell differentiation. Nature Reviews. Molecular Cell Biology 20 (9). с. 535–550. ISSN 1471-0080. PMID 31197269. doi:10.1038/s41580-019-0132-4. Процитовано 2020-02-27. 

For templates[ред. | ред. код]

}} Як керувати початковою видимістю цього шаблону
Для визначення видимості цього шаблону за замовчуванням додавайте параметри:

|state=collapsed для відображення шаблону в згорнутому стані, тобто прихованим за його заголовком – наприклад, {{Helixitta|state=collapsed}}
|state=expanded для відображення шаблону в розгорнутому стані, тобто повністю видимим – наприклад, {{Helixitta|state=expanded}}
|state=autocollapse для відображення шаблону в згорнутому стані, але лише коли на сторінці присутній інший шаблон такого ж типу – наприклад, {{Helixitta|state=autocollapse}}

Якщо не задано інакше (див. параметр |state= у коді шаблону), за замовчуванням шаблон має стан autocollapse.

Контроль повноти включення шаблону

Juustssss[ред. | ред. код]

  1. {{{user}}} [at] en.wikipedia.org
  1. [at] nl.wikipedia.org

and ours is

  1. User talk:Helixitta
  2. Обговорення Вікіпедії:Проєкт:Біологія
  3. Користувач:Helixitta/Doodles


Ембріобласт[ред. | ред. код]

Ембріобласт або внутрішня клітинна маса - шар клітин зародка з якого буде створений ембріон.


V(D)J-рекомбінація[ред. | ред. код]

Схема антитіла. Варіабельна ділянка важкого ланцюгу, яка формується в результаті V(D)J-рекомбінації вказана темно-фіалковим кольором (VH).

V(D)J-рекомбінація — це процес у імунній системі щелепних тварин, який призводить до формування варіабельної ділянки важкого ланцюгу рецептору імуноглобулінів лімфоцитів. V(D)J-рекомбінація разом з соматичним гіпермутагенезом лімфоцитів формує адаптивну імунну відповідь — можливість T- та B-лімфоцитів запам'ятовувати та активно реагувати на патогенні мікроорганізми при наступному зараженні[1].

Термін походить від трьох частин ДНК, які формують варіабельну частину рецептору: V (англ. variable) — варіабельний, J (англ. joining) — з'єднувальний та D (англ. diversity) — різноманітність. Така реорганізація сегментів генів імуноглобулінів відбувається у клітинах попередниках B- та T-лімфоцитів.[2]

Механізм[ред. | ред. код]

При рекомбінації бере участь комплекс білків RAG1[3]-RAG2[4] (англ. recombination-activating gene), який має нуклеазну активність. RAG1–RAG2 комплекс є гетеротетрамером[en], тобто кожна пара RAG1–RAG2 білків представлена 4 рази. Такий гетеротерамерний комплекс має форму, що нагадує літеру Y та має масу 230 кДа[5].

RAG-комплекс робить дволанцюгові розрізи ДНК по краям V, D та J генів, що мають назву RSS (англ. recombination signal sequences), які потім будуть з'єднуватися в подальших процесах рекомбінування[2]. Такі послідовності RSS існують у двох варіантах – 12 та 23 нуклеотиди, що не мають гомології, розмежовані між консервативними ділянками ДНК у 7 та 9 нуклеотидів. Для рекомбінації необхідна принаймні одна RSS кожного варіанту[5].

Зшивання відбувається за допомогою білків Ku70[6], Ku80[7], cernunnos[8], XRCC4[9] та ДНК-лігази IV[10], які є основними в процесі негомологічного з'єднання кінців. Перед з'єднанням, фермент TdT (англ. terminal deoxynucleotidyl transferase) додає декілька нуклеотидів до кінців розірваних молекул ДНК. TdT-полімераза є специфічною для процесу V(D)J-рекомбінації. Ця ДНК-полімераза не залежить від матриці, тобто може синтезувати довільні нуклеотиди без того, щоб робити комплементарні копії вже існуючих послідовностей[2], (як це роблять більшість ДНК-полімераз, включаючи і ті що активні при реплікації).

Цікавим є те, що RAG1 має схожу структуру до транспозаз Hermes Tn5, що наштовхує науковців на думку, що процес та переміщення транспозонів є еволюційно консервативні[5].

boxes and divs[ред. | ред. код]

Мняу!

і тут мняу

Мняу!

і тут мняу

  1. Eugene V. Koonin & Mart Krupovic (March 2015). Evolution of adaptive immunity from transposable elements combined with innate immune systems. Nature reviews. Genetics 16 (3): 184–192. PMID 25488578. doi:10.1038/nrg3859. 
  2. а б в Gary W. Litman, Jonathan P. Rast & Sebastian D. Fugmann (August 2010). The origins of vertebrate adaptive immunity. Nature reviews. Immunology 10 (8): 543–553. PMID 20651744. doi:10.1038/nri2807. 
  3. Білок RAG1 людини UniProt P15918
  4. Білок RAG2 людини UniProt P55895
  5. а б в Min-Sung Kim, Mikalai Lapkouski, Wei Yang & Martin Gellert (February 2015). Crystal structure of the V(D)J recombinase RAG1-RAG2. Nature 518 (7540): 507–511. PMID 25707801. doi:10.1038/nature14174. 
  6. Білок Ku70 людини UniProt P12956
  7. Білок Ku80 людини UniProt P13010
  8. Білок cernunnos людини UniProt Q9H9Q4
  9. Білок XRCC4 IV людини UniProt Q13426
  10. Білок ДНК-лігази IV людини UniProt P49917